ReNoteWeb: plataforma web para melhoramento de montagem e enriquecimento da anotação de genomas procariotos - MOIA, Gislenne da Silva (2022)
A redução do tempo e custos para realizar o sequenciamento de DNA, resultou no aumento significativo no depósito de informações biológicas em bancos de dados públicos, como NCBI (National Center for Biotechnology Information). Além disso, impulsionou a genômica, assim como inúmeras outras análises das ciências ômicas. A produção de grande volume de dados por execução culminou na necessidade do desenvolvimento de algoritmos capazes de manusear estas informações e auxiliar nas análises, a exemplo, tem-se a montagem e anotação de genomas procariotos. Ao longo dos anos, vários pipelines e ferramentas computacionais foram desenvolvidos com o objetivo de automatizar essa tarefa e consequentemente reduzir o tempo total para se conhecer o conteúdo gênico de um determinado organismo, principalmente de organismos não-modelo, e colaborar com a identificação de possíveis alvos com aplicabilidade biotecnológica. No caso das ferramentas de anotação automática, observa-se a alta acurácia dos resultados. Entretanto, isto não exime de se realizar o processo de curadoria manual, onde as informações inferidas no processo automático são checadas e enriquecidas pelos curadores. Esta tarefa demanda um tempo que é diretamente proporcional à quantidade de produtos gênicos do organismo alvo do estudo. Com o intuito de auxiliar neste processo é apresentado a ferramenta web denominada ReNoteWeb, dotada de uma interface simples e intuitiva, para realização do processo de melhoria da montagem com a possibilidade de identificar produtos ausentes da sequência genômica original ou resultado obtido em montagem prévia. Além disto, o ReNoteWeb é capaz de realizar o processo de anotação de todos os produtos, baseado em informações obtidas em bases de dados externas de alta acurácia. A engine responsável pela realização do tratamento dos dados foi desenvolvida em JAVA e a plataforma web utiliza os recursos do framework Yii, a anotação produzida por esta plataforma visa redução do tempo total no processo de curadoria manual. Para validação da ferramenta, foram utilizados vinte organismos. A eficiência foi constatada por meio da comparação da anotação desses mesmos organismos disponíveis no banco de dados do NCBI e anotação realizada na plataforma RAST. A ferramenta está disponível em: http://biod.ufpa.br/renoteweb/.