Alinhamento múltiplo de seqüências através de técnicas de agrupamento - Peres, Patrícia Silva (Universidade Federal do Amazonas, 2015)
O alinhamento simultâneo entre várias seqüências de DNA ou proteína é um dos principais problemas em biologia molecular computacional. Alinhamentos múltiplos são importantes em muitas aplicações, tais como, predição da estrutura de novas seqüências, demonstração do relacionamento entre novas seqüências e famílias de seqüências já existentes, inferência da história evolutiva de uma família de seqüências, descobrimento de padrões que sejam compartilhados entre seqüências, montagem de fragmentos de DNA, entre outras. Atualmente, a estratégia mais popular utilizada na resolução do problema do alinhamento múltiplo é o alinhamento progressivo. Cada etapa desta estratégia pode gerar uma taxa de erro que tenderá a ser baixa no caso de seqüências muito similares entre si, porêm tenderá a ser alta na medida em que as seqüências divergirem. Portanto, a determinação da ordem de alinhamento das seqüências constitui-se em um passo fundamental na estratégia de alinhamento progressivo. Estratégias tradicionais levam em consideração, a cada iteração do alinhamento progressivo, apenas o par ou grupo de seqüências mais próximo a ser alinhado. Tal estratégia minimiza a taxa de erro introduzida em cada etapa, porém pode não ser a melhor forma para minimizar a taxa de erro final. Baseado nesta hipótese, este trabalho tem por objetivo o estudo e aplicação de uma técnica de agrupamento global para executar uma análise prévia de todas as seqüências de forma a separálas em grupos de acordo com suas similaridades. Estes grupos, então, guiarão o alinhamento progressivo tradicional, numa tentativa de minimizar a taxa de erro global introduzida pelas etapas do alinhamento progressivo e melhorar o resultado final. Para avaliar a contabilidade desta nova estratégia, três métodos conhecidos foram modificados com o objetivo de agregar a nova etapa de agrupamento de seqüências. A acurácia das novas versões dos métodos foi testada utilizando três diferentes coleções de referências. Além disso, os métodos modificados foram comparadas com suas respectivas versões originais. Os resultados dos experimentos mostram que as novas versões dos métodos com a etapa de agrupamento global realmente obtiveram alinhamentos melhores do que suas versões originais nas três coleções de referência e alcançando melhorias sobre os principais métodos encontrados na literatura, com um aumento de apenas 3% em média no tempo de execução.