Montagem, anotação e análise estrutural do genoma de Pleurotus ostreatoroseus DPUA 1720 - Silva, Suelen Dias da (Universidade Federal do Amazonas, 2022)
Os cogumelos são usados desde os tempos remotos devido seu valor terapêutico. Muitas espécies são fontes de compostos bioativos que podem apresentar efeitos benéficos à saúde, como potencial antioxidante, antimicrobiano, anti-inflamatório, antimutagênico, anticâncer, neuroprotetivo, hepatoprotetivo entre outros. Este trabalho tem como objetivo fazer a autenticação molecular do cogumelo, sequenciar, anotar e analisar o genoma de Pleurotus ostreatoroseus, analisar a sua composição nutricional, sua atividade antioxidante e antimicrobiana. A autenticação molecular foi realizada pela amplificação dos genes rRNA nucleares de fungos, e depositada no NCBI. O sequenciamento foi realizado no Ilumina HiSeq e montado pelo método de novo com software SOAP. O tamanho total do genoma de P. ostreatoroseus é de 43.81Mb, com conteúdo GC de 56.04%, e 9,263 genes. A montagem gerou 38.588,771 contigs, com N50 de 180,9. Foram realizadas anotações no Gene Ontology (GO), KEGG, KOG, NR, TCDB e CAZy. Pelo KEGG foi possível observar a rede do metabolismo da espécie, apresentando genes envolvidos majoritariamente em catabolismo/transporte (274 genes) e metabolismo de carboidratos (248 genes). Na anotação do GO os genes mais abundantes envolvidos nas três categorias de anotação foram: (1) Componente Celular, 2.137 genes envolvidos em junções celulares; (2) Função Molecular, 3.265 genes associados à atividade de ligantes não definidas (3) Processo Biológico, 3.171 genes ligados a processos multi-organismo. Na anotação KOG, a maioria dos genes (221) foi associada a modificações pós-traducionais e chaperonas. Na anotação NR foi realizada a comparação proteica com vinte espécies fúngicas depositadas nos bancos de dados NCBI, e observou-se a similaridade de 3.194 genes de P. ostreatoroseus com a espécie fúngica Phanerochaete carnosa. Os agrupamentos de genes de metabólitos secundários revelaram um total de 27 clusters, incluindo 10 terpenos, 1 t3pkse, 5 t1pks e outros 11 clusters. A composição centesimal da biomassa micelial revelou teor de proteínas 12,81%, carboidratos 33,64%, fibras 3,78% e lipídios 1,43%. Análise da atividade antimicrobiana dos extratos obtidos de P. ostreatoroseus não tiveram ação antifúgica e antibacteriana. A partir do extrato etanólico, foram determinados a composição total de fenóis (19,6 mg EAG/g) e a atividade antioxidante pelos ensaios de ABTS (84,1 μmol TE/g), DPPH (324,8 μmol TE/g) e FRAP (472,6 μM TE/g). Os resultados reportados nesse trabalho irão auxiliar pesquisas futuras com aplicações biotecnológicas, pois o dado genético fornece informações importantes sobre a biologia do cogumelo.