Desenvolvimento de marcadores SNPs e relação de parentesco em Potamotrygon wallacei (raia cururu) usando sequenciamento de próxima geração - Silva, Larissa Emily Santos da (Universidade Federal do Amazonas, 2023)
A raia Potamotrygon wallacei (Carvalho, Rosa e Araújo, 2016), conhecida popularmente como “cururu”, está entre as menores arraias de água doce conhecidas. O tamanho, forma corporal e a presença do clásper parecem ser as únicas características que expressam dimorfismo sexual. Esta espécie habita as águas escuras dos igapós e igarapés no estado do Amazonas, sendo endêmica da bacia do Rio Negro. Sua gestação é vivípara e pode se estender por três a seis meses, com maturidade sexual se iniciando a partir dos dois ou três anos de idade, apresenta baixo número de prole e longevidade alta. O conhecimento da biologia reprodutiva da raia cururu é limitado quanto ao parâmetro do sistema de acasalamento que é atualmente desconhecido. Este trabalho teve como objetivo, desenvolver marcadores moleculares do tipo SNP específicos para Potamotrygon wallacei utilizando sequenciamento de próxima geração e testar paternidade múltipla na espécie. As amostras utilizadas no trabalho foram de seis grupos familiares, em sua maioria compostos por provável mãe e prováveis filhotes, provenientes da localidade de Barcelos (Lago do Cubá), no Médio Rio Negro. As extrações de DNA dos tecidos dos indivíduos foram realizadas pelo método de CTAB 2% (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). A biblioteca genômica foi processada no sequenciador de Nova Geração (Next Generation Sequencing - NGS) Illumina, usando protocolo desenvolvido no laboratório. Os índices de diversidade genética foram inferidos no programa Arlequin e as análises de relação de parentesco foram feitas no software NGSRelate. A obtenção dos 1.664 marcadores SNPs via ddRAD usando protocolo caseiro para o sequenciador de próxima geração mostrou ser excelente para a obtenção dos níveis de diversidade genética para P. wallacei. Os resultados sobre análise de parentesco forneceram novos insights sobre a biologia reprodutiva da arraia cururu apresentando dois casos de sistemas de acasalamento, evidenciando um com indicativo de monogamia e outro com indicativo de contribuição extra-par.