Análise da expressão gênica diferencial entre o adenocarcinoma da junção esôfago-gástrica e o adenocarcinoma gástrico
Gastric cancer is the fifth most common malignancy worldwide and the third in mortality. In 2010, UICC released the latest edition of the TNM staging manual in the adenocarcinoma esophageal-gastric junction (JEG) with epicenter at 5 cm from the JEG and extending into the esophagus is classified and...
| Autor principal: | MASCARENHAS JUNIOR, Rui Wanderley |
|---|---|
| Grau: | Dissertação |
| Idioma: | por |
| Publicado em: |
Universidade Federal do Pará
2017
|
| Assuntos: | |
| Acesso em linha: |
http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/7255 |
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ir-2011-7255 |
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ir-2011-72552017-12-20T13:42:09Z Análise da expressão gênica diferencial entre o adenocarcinoma da junção esôfago-gástrica e o adenocarcinoma gástrico MASCARENHAS JUNIOR, Rui Wanderley ASSUMPÇÃO, Paulo Pimentel de http://lattes.cnpq.br/7323606327039876 Adenocarcinoma gástrico Câncer gástrico Neoplasias gástricas Função esofagogástrica Citogenética Expressão gênica CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE::MEDICINA::CLINICA MEDICA Gastric cancer is the fifth most common malignancy worldwide and the third in mortality. In 2010, UICC released the latest edition of the TNM staging manual in the adenocarcinoma esophageal-gastric junction (JEG) with epicenter at 5 cm from the JEG and extending into the esophagus is classified and staged together with the esophageal tumors, while those that do not extend into the esophagus remain classified and staged as gastric adenocarcinoma. This change was due to differences between adenocarcinomas of the JEG and stomach, risk factors, treatment and prognosis. With the development of molecular biology, several areas - such as transcriptomics, studying gene expression on a genomic scale - started to be used to explore differences in expression in various tumor types. In this sense, the Atlas Genomic Cancer (TCGA) is a database that aims to generate complete maps of the genomic key changes of the major types of cancer, in order to accelerate the understanding of the molecular basis of cancer through the application of technology genome analysis, which makes it a powerful tool in this area. Considering these aspects, the aim of this study is to comparatively analyze the transcriptome of adenocarcinomas of the JEG and gastric using TCGA data as a tool for validation. To this end, the gastrectomy at the University Hospital João de Barros Barreto eight patients samples were obtained submitted, four adenocarcinomas of the JEG and four gastric adenocarcinomas. Samples were analyzed using the technique of expression microarray chips with Human Gene 1.0 ST Array (Affymetrix®) which allow the analysis of 36,079 transcripts. The transcriptome analysis revealed 36 genes differentially expressed (fold-change greater than or equal to 5), 11 and 25 hipoexpressos hiperexpressos genes in JEG adenocarcinoma in relation to gastric adenocarcinomas. In the analysis of TCGA were identified 509 differentially expressed genes (p <0.05), and the ASPN genes, LiPF HNRNPM and validated for this database. Thus, it is concluded that the differential gene analysis shows significant changes between gastric adenocarccinoma and JEG and its molecular differences may reflect the clinical features, stressing that these tumors should be classified and staged differently. O câncer gástrico é a quinta neoplasia maligna mais frequente no mundo e a terceira em mortalidade. Em 2010, a UICC lançou a edição mais recente do manual de estadiamento TNM, em que o adenocarcinoma da junção esôfago-gástrica (JEG), com epicentro a 5 cm da JEG e que se estende para o esôfago é classificado e estadiado junto com os tumores de esôfago, enquanto que aqueles que não se estendem ao esôfago continuam sendo classificados e estadiados como adenocarcinoma gástrico. Esta mudança ocorreu devido às diferenças entre os adenocarcinomas da JEG e gástrico, como fatores de risco, tratamento e prognóstico. Com o desenvolvimento da biologia molecular, diversas áreas - como a transcriptômica, que estuda a expressão gênica em uma escala genômica - passaram a ser utilizadas a fim de explorar diferenças de expressão entre diversos tipos tumorais. Nesse sentido, o Atlas Genômico do Câncer (TCGA) é um banco de dados que tem como objetivo gerar mapas completos das alterações genômicas-chave dos principais tipos de câncer, no intuito de acelerar a compreensão da base molecular do câncer através da aplicação de tecnologias de análise de genoma, o que o torna uma poderosa ferramenta nesta área. Tendo em vista esses aspectos, o objetivo deste trabalho consiste em analisar comparativamente o transcriptoma de adenocarcinomas da JEG e gástricos, utilizando dados do TCGA como ferramenta para validação. Para este fim, foram obtidas amostras de oito pacientes submetidos a gastrectomia no Hospital Universitário João de Barros Barreto, sendo quatro adenocarcinomas da JEG e quatro adenocarcinomas gástricos. As amostras foram analisadas utilizando a técnica de microarranjo de expressão com os chips Human Gene 1.0 ST array (Affymetrix®), que permitem a análise de 36.079 transcritos. A análise do transcriptoma revelou 36 genes diferencialmente expressos (fold-change maior ou igual a 5), sendo 11 genes hiperexpressos e 25 hipoexpressos no adenocarcinoma da JEG em relação aos adenocarcinomas gástricos. Na análise do TCGA, foram identificados 509 genes diferencialmente expressos (p < 0,05), sendo os genes ASPN, LIPF e HNRNPM validados por este banco de dados. Assim, conclui-se que a análise gênica diferencial demonstra alterações significativas entre os adenocarccinoma gástrico e da JEG e que suas diferenças moleculares podem refletir nas características clínicas, reforçando que estas neoplasias devam ser classificadas e estadiadas de forma diferente. 2017-01-10T12:05:49Z 2017-01-10T12:05:49Z 2016-03-03 Dissertação MASCARENHAS JUNIOR, Rui Wanderley. Análise da expressão gênica diferencial entre o adenocarcinoma da junção esôfago-gástrica e o adenocarcinoma gástrico. 2016. 58 f. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal do Pará, Núcleo de Pesquisas em Oncologia, Belém, 2016. Programa de Pós-Graduação em Oncologia e Ciências Médicas. http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/7255 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Pará Brasil Núcleo de Pesquisas em Oncologia UFPA Programa de Pós-Graduação em Oncologia e Ciências Médicas |
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Gastric cancer is the fifth most common malignancy worldwide and the third in mortality. In 2010, UICC released the latest edition of the TNM staging manual in the adenocarcinoma esophageal-gastric junction (JEG) with epicenter at 5 cm from the JEG and extending into the esophagus is classified and staged together with the esophageal tumors, while those that do not extend into the esophagus remain classified and staged as gastric adenocarcinoma. This change was due to differences between adenocarcinomas of the JEG and stomach, risk factors, treatment and prognosis. With the development of molecular biology, several areas - such as transcriptomics, studying gene expression on a genomic scale - started to be used to explore differences in expression in various tumor types. In this sense, the Atlas Genomic Cancer (TCGA) is a database that aims to generate complete maps of the genomic key changes of the major types of cancer, in order to accelerate the understanding of the molecular basis of cancer through the application of technology genome analysis, which makes it a powerful tool in this area. Considering these aspects, the aim of this study is to comparatively analyze the transcriptome of adenocarcinomas of the JEG and gastric using TCGA data as a tool for validation. To this end, the gastrectomy at the University Hospital João de Barros Barreto eight patients samples were obtained submitted, four adenocarcinomas of the JEG and four gastric adenocarcinomas. Samples were analyzed using the technique of expression microarray chips with Human Gene 1.0 ST Array (Affymetrix®) which allow the analysis of 36,079 transcripts. The transcriptome analysis revealed 36 genes differentially expressed (fold-change greater than or equal to 5), 11 and 25 hipoexpressos hiperexpressos genes in JEG adenocarcinoma in relation to gastric adenocarcinomas. In the analysis of TCGA were identified 509 differentially expressed genes (p <0.05), and the ASPN genes, LiPF HNRNPM and validated for this database. Thus, it is concluded that the differential gene analysis shows significant changes between gastric adenocarccinoma and JEG and its molecular differences may reflect the clinical features, stressing that these tumors should be classified and staged differently. |
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