Relação entre níveis de células T CD4+ e pressão seletiva nos genes env e vif do HIV-1 subtipos B e C
Previous studies have shown a direct relationship between levels of CD4+ Tlymphocytes and evolutionary rates of HIV-1 (DIAZ et al, 2008; LEMEY et al, 2007; NOSTROM et al, 2014.). Other factors also affect the variability of the env gene: for example function of neutralizing antibodies - Nabs (FROST...
| Autor principal: | PEREIRA, Raimundo Cristovão Ferreira |
|---|---|
| Grau: | Dissertação |
| Idioma: | por |
| Publicado em: |
Universidade Federal do Pará
2017
|
| Assuntos: | |
| Acesso em linha: |
http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/7455 |
| id |
ir-2011-7455 |
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ir-2011-74552017-10-16T12:45:51Z Relação entre níveis de células T CD4+ e pressão seletiva nos genes env e vif do HIV-1 subtipos B e C PEREIRA, Raimundo Cristovão Ferreira LEAL, Élcio de Souza http://lattes.cnpq.br/1158983666415285 Infecções por HIV Linfócitos Linfócitos T CD4 Positivos Genes Genes env Genes vif HIV (Vírus) CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MICROBIOLOGIA::BIOLOGIA E FISIOLOGIA DOS MICROORGANISMOS::VIROLOGIA Previous studies have shown a direct relationship between levels of CD4+ Tlymphocytes and evolutionary rates of HIV-1 (DIAZ et al, 2008; LEMEY et al, 2007; NOSTROM et al, 2014.). Other factors also affect the variability of the env gene: for example function of neutralizing antibodies - Nabs (FROST et al., 2005), the variation in glycosylation sites; (LEAL et al, 2012 LEAL et al., 2008), binding to target cell receptors (i.e, CD4, CXCR4, CCR5), and also the switch from CCR5 to CXCR4 receptor (MILD et al., 2013). Thus, the relationship between viral levels diversification and CD4 + T cells in the env gene can be circumstantial. The vif gene, on the other hand, it is retained and not subject to bias present in the env gene (i.e, glycosylation sites, etc.). Thus, to study the influence of CD4 + T cells levels in HIV variability, the estimate of the selective regimes was used (Nonsynonymous Substitutions - dN and Synonymous Substitutions - dS) by a codon-based model and phylogenetic analysis of unrelated individuals (inter-host). HIV-1 sequences were used of the not-correlated individuals, obtained from the Los Alamos Database. The sequences were separated into CD4+ levels of categories and then analyzed. The analysis revealed no direct correlation between CD4+ T cell levels and evolutionary rates in gp120 and vif gene from HIV-1, subtypes B and C in a population approach. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Estudos anteriores mostraram haver uma relação direta entre níveis de linfócitos T CD4+ e taxas evolutivas do HIV-1 (DIAZ et al., 2008; LEMEY et al., 2007; NOSTROM et al., 2014). Além disso, outros fatores também afetam a variabilidade do no gene env: por exemplo ação de anticorpos neutralizantes - Nabs (FROST et al., 2005), a variação nos sítios de glicosilação (LEAL et al., 2012; LEAL et al., 2008), a ligação nos receptores da célula alvo (i.e., CD4, CXCR4, CCR5), e ainda, a escolha dos receptores CCR5 para CXCR4 (MILD et al., 2013). Com isso a relação entre diversificação viral e níveis células T CD4+ no gene env pode ser circunstancial. O gene vif, por outro lado, é mais conservado e não sujeito ao viés presente no gene env (i.e., sítios de glicosilação, etc.). Assim, para estudar a influência dos níveis de células T CD4+ na variabilidade do HIV, foi usado a estimativa do regime seletivo (dN e dS) através do modelo de códons e análise filogenética de indivíduos não relacionados (inter-hospedeiro). Foram utilizadas sequências do HIV-1 de indivíduos não correlacionados, obtidas a partir do banco de dados de Los Alamos. As sequências foram separadas em categorias de níveis de linfócitos T CD4, e posteriormente analisadas. A análise mostrou não haver relação direta entre os níveis de células T CD4+ e as taxas evolutivas em gp120 e no gene vif do HIV-1 dos subtipos B e C em uma abordagem populacional. 2017-01-27T13:37:52Z 2017-01-27T13:37:52Z 2015-08-31 Dissertação PEREIRA, Raimundo Cristovão Ferreira. Relação entre níveis de células T CD4+ e pressão seletiva nos genes env e vif do HIV-1 subtipos B e C. 2015. 44 f. Dissertação (Mestrado) – Universidade Federal do Pará, Instituto de Ciências Biológicas, Belém, 2015. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/7455 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Pará Brasil Instituto de Ciências Biológicas UFPA Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia |
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Repositório Institucional - Universidade Federal do Pará |
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Previous studies have shown a direct relationship between levels of CD4+ Tlymphocytes and evolutionary rates of HIV-1 (DIAZ et al, 2008; LEMEY et al, 2007; NOSTROM et al, 2014.). Other factors also affect the variability of the env gene: for example function of neutralizing antibodies - Nabs (FROST et al., 2005), the variation in glycosylation sites; (LEAL et al, 2012 LEAL et al., 2008), binding to target cell receptors (i.e, CD4, CXCR4, CCR5), and also the switch from CCR5 to CXCR4 receptor (MILD et al., 2013). Thus, the relationship between viral levels diversification and CD4 + T cells in the env gene can be circumstantial. The vif gene, on the other hand, it is retained and not subject to bias present in the env gene (i.e, glycosylation sites, etc.). Thus, to study the influence of CD4 + T cells levels in HIV variability, the estimate of the selective regimes was used (Nonsynonymous Substitutions - dN and Synonymous Substitutions - dS) by a codon-based model and phylogenetic analysis of unrelated individuals (inter-host). HIV-1 sequences were used of the not-correlated individuals, obtained from the Los Alamos Database. The sequences were separated into CD4+ levels of categories and then analyzed. The analysis revealed no direct correlation between CD4+ T cell levels and evolutionary rates in gp120 and vif gene from HIV-1, subtypes B and C in a population approach. |
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