Polimorfismos na região promotora, Éxon I e Éxon II do gene do receptor da melatonina associados às características reprodutivas em búfalas na Amazônia

BARBOSA, Elizabeth Machado

Tese

Polimorfismos na região promotora, Éxon I e Éxon II do gene do receptor da melatonina associados às características reprodutivas em búfalas na Amazônia

The buffaloes production in the Pará state have is a high representative activity to the regional economy and production of meat, milk and dairy products. Therefore, it is necessary to develop new technologies that increase the enjoyment of the production and reproduction of buffaloes in the Amazon...

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Autor principal:	BARBOSA, Elizabeth Machado
Grau:	Tese
Idioma:	por
Publicado em:	Universidade Federal do Pará 2017
Assuntos:	Búfalo Melatonina Polimorfismo genético Reprodução animal Bubalinos Bubalus bubalis Reação em cadeia da polimerase CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA::REPRODUCAO ANIMAL
Acesso em linha:	http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/8346

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spelling	ir-2011-83462018-04-24T12:47:53Z Polimorfismos na região promotora, Éxon I e Éxon II do gene do receptor da melatonina associados às características reprodutivas em búfalas na Amazônia BARBOSA, Elizabeth Machado RIBEIRO, Haroldo Francisco Lobato http://lattes.cnpq.br/1614582293203770 Búfalo Melatonina Polimorfismo genético Reprodução animal Bubalinos Bubalus bubalis Reação em cadeia da polimerase CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA::REPRODUCAO ANIMAL The buffaloes production in the Pará state have is a high representative activity to the regional economy and production of meat, milk and dairy products. Therefore, it is necessary to develop new technologies that increase the enjoyment of the production and reproduction of buffaloes in the Amazon region. Thus, the objectives of this research thesis was to characterize the promoter region of the melatonin receptor gene 1 (MTRN1A) and identify polymorphisms in exons I and II of that gene and link them to reproductive traits that have economic importance in buffaloes in the region Amazon. Were collected 400 buffaloes samples and 60 animals were used to characterize the promoter region, 140 to detect the polymorphism (SNPs) in exon II and 77 to detect the polymorphism in exon I. DNA extraction was peformed by phenol method. Then were selected different primers to make Polymerase Chain Reaction (PCR). The promoter region was sequenced MTRN1A a total of 1621 base pairs by the Sanger method, polymorphism in exon II was detected by PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) with HpaI enzyme and the polymorphism exon I was found by sequencing DNA by Sanger method. Allele and genotype frequencies of all SNPs were evaluated, the inbreeding coefficient (Fis) and the likelihood of Hardy-Weinberg equilibrium. SNPs in the promoter region and exon I have been associated with reproductive traits of buffaloes by ANOVA or Student's t test and / or chisquare test. The significance level was 0,05. 26 SNPs were detected in the promoter region at positions -1511 (C → T), -1465 (G → T), -1422 (A → G), -1411 (G → A), -1395 (G → T), - 1298 (A → G) -1295 (G → A) -1242 (C → A) -1150 (C → T), -1 147 (G → C) -1136 (A → G) -911 ( G → A), -909 (A → G) -724 (C → G) -656 (A → C) -649 (C → T), -644 (G → A), -511 (A → C) -481 (G → A), -425 (C → T) -395 (G → A), -383 (G → T), -254 (C → T) -206 (T → C) , -133 (T → G) and -94 (C → T) and a deletion unit (ACAA) at position -1483. Of the total detected SNPs, 75% of the wild alleles tiveral frequencies greater than 0,5. For the characteristic interval between calving (IEP), only five SNPs (-1298, -1136, -911, -724 and - 656) were significantly associated (P <0.05) and three SNPs (-1395, -724 and -94) were significantly associated (P <0.05) with the characteristic age at first calving (IPP) and none for the characteristic concentration of deliveries (P> 0.05). A total of 11 SNPs was strongly associated with binding factors in gene regulation. The SNP in exon II by PCR-RFLP (HpaI) at position 306 (T → C), the most frequent allele T in Upland animals (0,529) and C in lowland animals, the two populations showed coefficients Fis inbreeding (0,040 and 0,091, respectively) and strong deviations from Hardy-Weinberg equilibrium (P> 0.05). The mutation occurs at codon 106 and is the sinonímio type without changing the messenger RNA handles structure. The SNP in exon I was detected at position 62 (T → C) and of the non sinonímio, exchanging of Leucine to Proline. The mutant allele was the most frequent C (0,623) inbreeding coefficient Fis = 0.397 and Hardy-Weinberg deviations (P <0.05). None of the genotypes were associated with calving interval and age at first birth (P> 0.05). Therefore, SNPs are strong candidates for selection, but it would be interesting to evaluate them in other herds in the Amazon region and / or in other regions of Brazil and / or other countries to effect them as excellent molecular markers for reproductive traits of buffalo. A produção de bubalinos no Estado do Pará é uma atividade de alta representatividade para a economia regional e produção de carne, leite e derivados. Portanto, é necessário desenvolver novas tecnologias que aumente o desfrute da produção e reprodução de bubalinos na região Amazônica. Sendo assim, os objetivos desta tese de pesquisa foram caracterizar a região promotora do gene do receptor da melatonina 1 A (MTRN1A) e identificar polimorfismos nos éxons I e II do referido gene e associá-los a características reprodutivas de relevância econômica em búfalas na região Amazônica. Foram coletados amostras de pelos de 400 búfalas e foram usados 60 animais para caracterização da região promotora, 140 para detectar o polimorfismo (SNPs) no éxon II e 77 para detectar o polimorfismo no éxon I. Foi realizada a extração de DNA pelo método fenólico. Em seguida selecionaram-se os diferentes iniciadores para realizar as reações em cadeia da polimerase (PCR). A região promotora do MTRN1A foi sequenciada em um total de 1621 pares de base pelo método de Sanger, o polimorfismo no éxon II foi detectado através da técnica de PCR-RFLP (Polimorfismo de restrição de comprimento de fragmentos) com a enzima HpaI e o polimorfismo no éxon I foi detectado através do sequenciamento de DNA pelo método Sanger. Foram avaliadas as frequências alélicas e genotípicas de todos os SNPs, os coeficientes de endocruzamento (Fis) e as probabilidades de Hardy-Weinberg. Os SNPs da região promotora e do éxon I foram associados com características reprodutivas das búfalas pelo ANOVA, ou teste t de Student e/ou teste qui-quadrado. O nível de significância foi de 0,05. Foram detectados 26 SNPs na região promotora nas posições -1511 (C→T), -1465 (G→T), -1422 (A→G), -1411 (G→A), - 1395 (G→T), -1298 (A→G), -1295(G→A), -1242 (A→C), -1150 (C→T), -1147 (G→C), - 1136(A→G), -911 (G→A), -909 (A→G), -724 (C→G), -656 (A→C), -649 (T→C), -644 (G→A), -511 (A→C), -481 (G→A), -425 (C→T), -395 (G→A), -383 (G→T), -254 (C→T), - 206 (T→C), -133 (T→G) e -94 (C→T) e um bloco de deleção (ACAA) na posição -1483. Do total de SNPs detectados, 75% dos alelos selvagens tiveral frequências maiores que 0,5. Para a característica Intervalo entre Parto (IEP), somente cinco SNPs (-1298, -1136, -911, -724 e - 656) foram significativamente associados (P<0,05) e outros três SNPs (-1395, -724 e -94) foram associados significativamente (P<0,05) com a característica Idade ao Primeiro Parto (IPP) e nenhum para a característica concentração de partos (P>0,05). Um total de 11 SNPs foi fortemente associado a fatores de ligação para a regulação gênica. O SNP no éxon II por PCR-RFLP (HpaI) na posição 306 de (T→C), sendo o alelo T mais frequente nos animais de Terra Firme (0,529) e o C em animais de Várzea, as duas populações apresentaram coeficientes de endocruzamento Fis (0,040 e 0,091, respectivamente) e fortes desvios de Hardy-Weinberg (P>0,05). A mutação ocorre no 106° codon e é do tipo sinonímio sem alteração da estrutura de alças do RNA mensageiro. O SNP no éxon I foi detectado na posição 62 (T→C) e do tipo não sinonímio, trocando de Leucina para Prolina. O alelo mutante C foi o mais frequente (0,623), coeficiente de endocruzamento Fis=0,397 e desvios de Hardy- Weinberg (P<0,05). Nenhum dos genótipos foram associados ao interval entre partos e a idade do primeiro parto (P>0,05). Portanto, os SNPs são fortes candidatos para seleção, mas seria interessante avaliá-los em outros rebanhos na região Amazônica e/ou em outras regiões do Brasil e/ou em outros países para efetivá-los como excelentes marcadores moleculares para características reprodutivas de bubalinas. 2017-05-10T13:29:12Z 2017-05-10T13:29:12Z 2015-06-18 Tese BARBOSA, Elizabeth Machado. Polimorfismos na região promotora, Éxon I e Éxon II do gene do receptor da melatonina associados às características reprodutivas em búfalas na Amazônia. 2015. 57 f. Tese (Doutorado) - Universidade Federal do Pará, Núcleo de Ciências Agrárias e Desenvolvimento Rural, Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, Universidade Federal Rural da Amazônia, Belém, 2015. Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal. http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/8346 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Pará Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária Universidade Federal Rural da Amazônia Brasil Campus Universitário de Castanhal UFPA EMBRAPA UFRA Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal
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