AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML

VERAS, Adonney Allan de Oliveira

Dissertação

AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML

Technologies for second-generation sequencing provided a major breakthrough of the genome, making its use a landmark that has revolutionized biology. These platforms are characterized by a reduction in sequencing time, high data production and low cost per base sequenced, however, these devices prod...

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Autor principal:	VERAS, Adonney Allan de Oliveira
Grau:	Dissertação
Idioma:	por
Publicado em:	Universidade Federal do Pará 2017
Assuntos:	Biotecnologia Bioinformática Genoma AutoAssembblyD - Software CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE COMPUTACAO CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA
Acesso em linha:	http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/8888

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spelling	ir-2011-88882017-10-16T13:32:03Z AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML VERAS, Adonney Allan de Oliveira SILVA, Artur Luiz da Costa da http://lattes.cnpq.br/7642043789034070 Biotecnologia Bioinformática Genoma AutoAssembblyD - Software CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE COMPUTACAO CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA Technologies for second-generation sequencing provided a major breakthrough of the genome, making its use a landmark that has revolutionized biology. These platforms are characterized by a reduction in sequencing time, high data production and low cost per base sequenced, however, these devices produce data mostly consist of short readings which represents a major challenge for reconstruction of the genome due to this new feature readings of computational tools had to be developed to accomplish the task of assembling their example we Velvet, AllPaths, Abyss, SOAPdenovo2, Edena. However, most of these applications are executed through command lines extended and composed of several parameters must follow the standard syntax to use, because in case of errors in the syntax is the possibility of not obtaining the best result, with the aim of solve this problem we present the AutoAssemblyD that besides providing the use of these assemblers through a graphical interface also enables the management of these executions remotely. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior As tecnologias de sequenciamento de segunda geração proporcionaram um grande avanço dos estudos genômicos, tornando sua utilização um marco que revolucionou a biologia. Estas plataformas são caracterizadas pela redução no tempo de sequenciamento, alta produção de dados e baixo custo por base sequenciada, contudo, estes equipamentos em sua maioria produzem dados compostos por leituras curtas o que representa um grande desafio para reconstrução do genoma, devido a essa nova característica das leituras ferramentas computacionais tiveram que ser desenvolvidas para realizar a tarefa de montagem exemplo delas temos Velvet, Allpaths, ABySS, SOAPdenovo2, Edena. No entanto, a maioria destes aplicativos são executados através de linhas de comandos extensas compostas por vários parâmetros e devem obedecer a uma sintaxe adequada a sua utilização, pois em caso de erros existe a possibilidade de não obtenção do melhor resultado, com o intuito de resolver este problema apresentamos o AutoAssemblyD, que além de proporcionar a utilização destes montadores através de uma interface gráfica também possibilita a gerência destas execuções de forma remota. 2017-07-21T12:42:23Z 2017-07-21T12:42:23Z 2014-01-24 Dissertação VERAS, Adonney Allan de Oliveira. AutoAssemblyD software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML. 2014. 45 f. Dissertação (Mestrado) - Universidade Federal do Pará, Instituto de Ciências Biológicas, Belém, 2014. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/8888 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Pará Brasil Instituto de Ciências Biológicas UFPA Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia
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