A metodologia metagen?mica est? em crescente desenvolvimento para a identifica??o de genomas virais, caracterizando as informa??es biol?gicas desses agentes sem necessidade de isolamento e cultivo em laborat?rio com o aux?lio de tecnologias avan?adas para a gera??o e processamento de milh?es de leituras. Neste contexto prop?e-se investigar a presen?a de arbov?rus e outros v?rus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do munic?pio de Viseu, no Estado do Par?-Brasil. Um total de 10 amostras (f?gado, v?sceras e c?rebro) de roedores e marsupiais foram submetidos a extra??o e purifica??o de RNA, s?ntese do DNA complementar (cDNA), sequenciamento atrav?s da tecnologia Illumina NextSeq e an?lise bioinform?tica. No geral os g?neros virais detectados neste trabalho foram: Ortobunyavirus, Hepacivirus, Gammaretrovirus, Betaretrovirus, Epsilonretrovirus, Alpharetrovirus, Pestivirus, Parapoxivirus, Amdoparvovirus, al?m de v?rus de RNA n?o classificados em nenhum dos g?neros conhecidos. Este estudo apresentou diversidades de agentes virais, com predomin?ncia de g?neros da fam?lia Retroviridae e dessas detec??es apenas o v?rus Caraparu (CARV) membro do g?nero Ortobunyavirus representa risco a sa?de humana. A an?lise filogen?tica para os hepaciv?rus (Hepacivirus de roedor e Hepacivirus F) detectados neste estudo, apresentaram similaridade com o Rodent Hepacivirus isolado do roedor da esp?cie Proechimys simispinosus, agrupando-se no mesmo clado. Os dom?nios da poliprote?na apresentaram semelhan?a com os Hepacivirus nas regi?es que codificam prote?nas estruturais (Core e Env.), n?o estruturais (NS2, NS4b, NS5a_1a e NS5a_1b), com uma estrutura da peptidase (S29) respons?vel pela clivagem das prote?nas estruturais e com um dom?nio que corresponde a fam?lia Flaviviriade (Flavi_DEAD). Diante disso, os achados deste estudo podem contribuir para o conhecimento cient?fico sobre as comunidades virais que circulam em pequenos animais (roedores e marsupiais) nas proximidades da cidade de Viseu, mesmo que muitos deles n?o sejam nocivos para a sa?de humana. Com isso, estudos cont?nuos nesses e em outros mam?feros devem ser realizados para obter informa??es das esp?cies virais circulantes e de poss?veis novas descobertas de v?rus e fontes de infec??es zoon?ticas, nessa e em outras regi?es da Amaz?nia brasileira.
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