Compreender o impacto da atividade pesqueira sobre as assembleias de peixes é condição importante para a prevenção dos seus efeitos na biodiversidade e no funcionamento dos ecossistemas. Na Amazônia, a pesca é a principal atividade extrativista, com histórico de sobreexplotação de estoques pesqueiros e conflitos entre os diferentes usuários do recurso. Diante disso, emergiram na região iniciativas de cogestão, visando o zoneamento e a restrição de áreas à pesca comercial. Aqui, avaliamos os efeitos da pesca sobre a diversidade de peixes, abrangendo elementos multidimensionais (taxonômicos e funcionais) que podem fornecer respostas complementares às consequências ecológicas que a atividade pode gerar ao ambiente. Para isso comparamos séries temporais em dois lagos de várzea, um com acesso livre e outro com acesso restrito à pesca em duas áreas próximas na Amazônia Central. Nossos resultados demonstram que com o passar dos anos houve um declínio dos índices de diversidade taxonômica no lago de acesso aberto e aumento no lago restrito a pesca; diferença na composição funcional entre os dois tipos de lagos; e aumento dos índices de divergência, equitabilidade e redundância funcional no decorrer dos anos mais acentuado no lago aberto. Foi demonstrado um impacto negativo da pesca na composição funcional e estrutura taxonômica das assembleias de peixes, em nível local. Em contraposição há uma recuperação no ambiente de acesso restrito com o passar dos anos de restrição, o que pode ter ocasionado diferenças na composição funcional entre os lagos.
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