A castanheira-do-Brasil (Bertholletia excelsa H.B.K.) é uma das árvores-símbolo da Amazônia, apresentando um grande valor social, ecológico e econômico para a região. Nos quatro primeiros meses de 2012, o volume total das exportações de castanha-do-Brasil atingiu 4.940 toneladas, gerando uma receita de U$S 6,5 milhões, valor 65,6% superior ao observado no mesmo período de 2011. A coleta excessiva em castanhais nas florestas tem se intensificado e compromete o futuro da espécie. A diversidade genética dentro de uma espécie facilita a adaptação evolutiva em decorrência das mudanças ambientais e precisa ser preservada para que sua perpetuação ocorra. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade e genética entre e dentro de populações de castanheira-do-Brasil por meio de marcadores moleculares AFLP. Foram avaliadas cinco populações no Estado do Amazonas com 30 indivíduos cada, duas populações da Fazenda Aruanã (Aruanã Carolina e Aruanã Brastor), uma de Parintins e duas de Manaus (Manaus IFAM e Manaus Aeroporto). A extração de DNA foi realizada pelo método CTAB, baseado no protocolo de Doyle e Doyle (1987), com adaptações. Foram utilizados quatro combinações de oligonucleotídeos (E+ATC/M+CCA; E+AGC/M+CAT; E+AGC/M+CCA; E+ACA/M+CAC) na genotipagem dos 150 indivíduos e obtidas 306 bandas polimórficas (93,3%). A diferenciação genética dentro e entre populações foi testada pela análise de variância molecular (AMOVA) utilizando o programa Genes. As distâncias genéticas de Jaccard foram utilizadas em uma análise de agrupamento do tipo UPGMA (Unweighted Pair-Group Method by Arithimetic Averages) e o teste de bootstrap foi realizado com 5.000 reamostragens. Os resultados indicaram que a presença de divergência genética é maior dentro de populações (51.88%) do que entre populações (48.11%). O valor de Fst foi igual a 0,48. Dois grupos foram formados no agrupamento interpopulacional: o primeiro constituiu-se de populações oriundas de plantios, Aruanã Carolina, Aruanã Brastor e Manaus IFAM e o segundo de populações naturais, Parintins e Manaus Aeroporto. Os marcadores AFLP foram eficientes na caracterização de populações naturais e cultivadas de castanheira-do-Brasil.
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