Dissertação

Diversidade e estrutura genética da coleção regional de germoplasma de mandioca da EMBRAPA Amazônia Ocidental.

A mandioca (Manihot esculenta Crantz) desempenha importante papel social como fonte de alimentação nas regiões tropicais mundiais. O germoplasma conservado constitui a base para aproveitamento tecnológico da espécie no desenvolvimento de novas cultivares. Para que seja eficientemente utilizado neces...

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Autor principal: Silva, Ana Mara Oliveira da
Grau: Dissertação
Idioma: por
Publicado em: Universidade Federal do Amazonas 2015
Assuntos:
IRAP
Polimorfismo
Retrotransposon
Diversidade Genética
Polymorphism
Retrotransposon
Genetic Diversity
CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
Acesso em linha: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4392
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spelling oai:https:--tede.ufam.edu.br-handle-:tede-43922016-06-10T12:52:49Z Diversidade e estrutura genética da coleção regional de germoplasma de mandioca da EMBRAPA Amazônia Ocidental. Silva, Ana Mara Oliveira da Clement, Charles Roland http://lattes.cnpq.br/8773698552648150 Rodrigues, Doriane Picanço Moura, Elisa Ferreira IRAP Polimorfismo Retrotransposon Diversidade Genética Polymorphism Retrotransposon Genetic Diversity CIÊNCIAS BIOLÓGICAS A mandioca (Manihot esculenta Crantz) desempenha importante papel social como fonte de alimentação nas regiões tropicais mundiais. O germoplasma conservado constitui a base para aproveitamento tecnológico da espécie no desenvolvimento de novas cultivares. Para que seja eficientemente utilizado necessita de diferentes métodos de caracterização genética. Os marcadores com base em elementos transponíveis são indicados para análises genéticas devido as suas qualidades de reprodutibilidade e polimorfismo abundante. Foram utilizados 430 acessos de mandioca que compõem o germoplasma da Embrapa, coletados na bacia amazônica. As sequências de retrotransposons foram localizadas no banco de dados do Phytozome, os primers IRAP desenhados com o programa Primer3, a estruturação dentro do germoplasma foi detectada através do software STRUCTURE v 2.2 e a diversidade genética foi avaliada utilizando o software Popgen v1.32. Para os dados de IRAP o software STRUCTURE sugeriu a existência de dois agrupamentos genéticos (K=2) um com 93 e outro com 127 variedades do total de 430 plantas, considerando apenas a fidelidade acima de 80%. A AMOVA para K = 2 revelou mais variação dentro do grupo (89%) que entre os grupos (11%). Os seis pares de primers IRAP foram informativos para avaliar a diversidade genética, com médias de 96% de polimorfismo, 0.4 de heterozigosidade e com índice de Shannon de 0.57, porém, não detectaram estruturação dentro do germoplasma de mandioca comparada com a estruturação assistida por outros marcadores. Manioc (Manihot esculenta Crantz) performs an important social role as a food source in the tropical world. The germplasm maintained manioc forms the basis for technological exploitation of the species in the development of new cultivars. To be efficiently used require different methods of genetic characterization. Markers based on transposable elements are suitable for genetic analyzes because of their qualities of reproducibility and abundant polymorphism. We used 430 manioc accessions that compose the Embrapa germplasm collected in the Amazon basin. The retrotransposons sequences were located in the Phytozome database, IRAP primers designed with Primer3 program, structuring within the germplasm has been detected by STRUCTURE software v. 2.2 and the genetic diversity was assessed using the Popgen software v1.32. IRAP data to the software STRUCTURE suggested the existence of two gene clusters (k = 2) with 93 and other with 127 varieties of total 430 plants, considering only the fidelity above 80%. The AMOVA for K = 2 showed greater variation within the group (89%) than among groups (11%). The six IRAP primer pairs were informative for assessing genetic diversity, with averages of 96% polymorphism, 0.4 heterozygosity and Shannon index 0.57, however, did not detect structuring within cassava germplasm compared to other assisted structuring markers. CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico 2015-07-16T15:58:21Z 2013-07-09 Dissertação SILVA, Ana Mara Oliveira da. Diversidade e estrutura genética da coleção regional de germoplasma de mandioca da embrapa amazônia ocidental. 2014. 48f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus, 2014. http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4392 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Amazonas Instituto de Ciências Biológicas Brasil UFAM Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia
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