Fungos filamentosos são organismos com a capacidade de produzir diversos metabólitos secundários, dentre eles, as micotoxinas, caracterizadas pelas propriedades tóxicas que apresentam ao organismo humano e animal. São produzidas em sua maioria por espécies dos gêneros Aspergillus e Penicillium, relevantes pelo envolvimento com contaminação de alimentos e produção de micotoxinas. O estudo objetivou identificar a micobiota e ocorrência de micotoxinas em amostras de farinha de mandioca produzidas em Coari na região Amazônica, Brasil. Foram coletadas 30 amostras de farinha de mandioca no mercado local e avaliadas quanto à umidade e atividade de água (aw), fungos (isolamento, purificação e identificação pela taxonomia tradicional) e micotoxinas. A confirmação das espécies fúngicas toxigênicas foi feita pela biologia molecular, foi realizada microscopia eletrônica de varredura em três espécies toxigênicas e micotoxinas foram identificadas por MALDI-TOF. Os resultados de umidade e (aw) variaram de 7,08 a 13,55% e 0,37 a 0,69 respectivamente. Entre as amostras analisadas, 30% apresentaram fungos e destes 18,5% foram toxigênicos. As espécies identificadas com maior frequência foram Aspergillus flavus, Penicillium waksmanii e Penicillium citrinum. Entre os fungos toxigênicos foram encontrados Penicillium citrinum, Aspergillus flavus e Aspergillus amoenus. MALDI-TOF demonstrou presença de aflatoxina B1, citrinana e patulina com maior frequência. Conclui-se que é necessário maior orientação para os produtores da farinha de mandioca, um dos alimentos mais consumido na região Norte do país, pois fungos toxigênicos e micotoxinas foram encontrados nas amostras analisadas.
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