A vacinação representa uma importante ação de saúde na prevenção da morbimortalidade por doenças imunopreveníveis, e a análise da cobertura vacinal é fundamental para avaliar a adequação da provisão de serviços nesse campo e disponibilizar informações que auxiliem no planejamento das ações de vacinação do município. O objetivo deste estudo, desenvolvido mediante pesquisa quali-quantitativa, foi analisar a cobertura vacinal das crianças menores de 5 anos da área rural e urbana no município de São Gabriel da Cachoeira - AM no período compreendido entre 2004 a 2009. A coleta de dados quantitativos foi realizada a partir de fontes secundárias de registro das doses aplicadas de vacinas, classificadas segundo a faixa etária das crianças vacinadas, obtidos no Sistema de Informação do Programa Estadual de Imunização e do município e nos censos vacinais do Distrito Sanitário Especial Indígena do Alto Rio Negro. A coleta de dados qualitativos foi efetuada por meio de entrevistas semi-estruturadas referente à atuação das equipes multiprofissionais de saúde, versando sobre tópicos de planejamento e programação das atividades de vacinação. O universo deste estudo compreendeu todas as doses de vacinas aplicadas no período da pesquisa e entrevistas com os 26 profissionais atuantes nas ações de vacinação no município. Os resultados mostraram que as coberturas vacinais da área rural são mais fidedígnas do que as da área urbana. O processo de trabalho dos profissionais de saúde revelou-se misto, de gestão, administração e assistência, na área indígena demandado por ações técnicas-operacionais complexas, veiculadas por meio de uma grande carga de logística, maior horizontalização no relacionamento entre os membros da equipe multiprofissional e flexibilidade no desempenho dos papéis profissionais. Na área urbana, as ações se mostraram mais simples e rotineiras, maior rigidez e hierarquização de papeis e tarefas entre os diversos níveis profissionais. Conclui-se que há uma grande disparidade das fontes populacionais para o cálculo das coberturas vacinais, principalmente para a área urbana, tais fatores comprometeram a precisão dos dados qualitativos. As baixas coberturas encontradas refletem as limitações da operacionalização das ações de vacinação no município de São Gabriel da Cachoeira.
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