O guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis (Mart.) Ducke) é uma espécie nativa da região amazônica rica em cafeína natural. A Embrapa Amazônia Ocidental desenvolve programa de melhoramento de guaranazeiro baseado em seleção clonal e seleção recorrente para obtenção de cultivares e progênies com características agronômicas desejáveis. O uso de marcadores moleculares tem sido aplicado com sucesso em programas de melhoramento para monitorar a diversidade genética e auxiliar na seleção assistida por marcadores. Com isso, a presente pesquisa visa avaliar a diversidade genética do programa de melhoramento do guaranazeiro, usando TRAP (Target Region Amplification Polymorphism) (Sequence - Related e o SRAP Amplification Polymorphism). O trabalho foi dividido em duas partes: a primeira para testar o potencial dos marcadores TRAP e SRAP, usando 60 subamostras do BAG (Banco Ativo do Germoplasma) e a segunda para análise da diversidade genética de seis progênies de meios-irmãos de guaranazeiro. No BAG observou-se um percentual de polimorfismo de 79% (TRAP) e 74,5% (SRAP). O coeficiente de Dice variou de 0,64 a 0,87, formando quatro grupos no dendrograma, onde um deles concentrou 82% do material estudado. Nas progênies de meios irmãos, o percentual de polimorfismo foi 85% para o TRAP e 76% para SRAP. A diversidade genética de Nei (H) foi de 0,20 e o índice de Shannon (I) de 0.30. A AMOVA mostrou que o maior percentual de variação se encontra dentro das progênies (54%). Com estes resultados, os marcadores TRAP e SRAP mostraram potencial em estudos de diversidade genética no programa de melhoramento de guaranazeiro.
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