A comunidade de microrganismos do sistema aquático dos rios Solimões e
Negro, bem como a diversidade destes ecossistemas não foram exaustivamente
estudadas até o momento. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a microbiota
bacteriana do rio Negro em relação a sazonalidade, tanto em seu aspecto
quantitativo (contagem de Unidades Formadoras de Colônias - UFCs) e no
qualitativo (identificação taxonômica via sequenciamento do DNA codificador do
RNA de pequena subunidade ribossomal SSU-rRNA). Amostras de água do rio
Negro foram coletadas em cinco diferentes pontos, em 4 profundidades e em 5
datas de diferentes épocas do ano, sendo que de todas amostras as UFCs foram
contadas. O DNA total foi extraído da biomassa contida na água do rio Negro em
períodos de cheia (RN2) e vazante (RN3) e analisado espectrofotometricamente e
por eletroforese em gel de agarose 0,8%. Foram amplificadas as regiões variáveis
V3 e V4 do SSU-rRNA por PCR (Reação em Cadeia da DNA Polimerase) e os
amplicons foram sequenciados por pirosequenciamento utilizando o equipamento
454 (Roche®). Os arquivos brutos das bibliotecas RN2 e RN3 do Rio Negro foram
submetidas à suíte do programa Mothur para o controle de qualidade, alinhamento
das sequências, cálculo das distâncias genéticas e definição das Unidades
Taxonômicas Operacionais – OTUs, além de, estimativa da riqueza e diversidade
das espécies. Pela contagem de UFCs foi possível comparar o número de bactérias
cultiváveis nos diferentes pontos de coleta e em função da sazonalidade. Pela
análise molecular verificou-se que o filo Proteobacteria mostrou-se dominante nestas
duas coletas do rio (cheia e vazante), os gêneros dominantes deste filo na cheia
foram Limnohabitans, Methylomonas, e outro filo expressivo foi Acidobacteria do
gênero Gp3. No período de vazante os gêneros abundantes foram Polynucleobacter,
Acinetobacter e Curvibacter, dentro do filo Proteobacteria. As curvas de rarefação
demonstraram que a biblioteca RN3 é mais diversa em número de espécies do que
a biblioteca RN2 e confirmado pelo índice de Shannon e InvSimpson. Pode-se
observar a partir dos índices de ACE e Cha 1 que a biblioteca RN3 é mais rica em
espécies comparada com a RN2.
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