O tracajá (Podocnemis unifilis) é a tartaruga de água doce com maior distribuição, podendo ser
encontrada nos mais diversos habitats. Associada a características naturais dos quelônios, a ação
humana provoca um declínio acentuado das populações, fazendo com que espécies como P.unifilis
esteja na lista de animais a serem protegidos pelo IBAMA. Muitos aspectos da biologia das espécies
podem ser determinados usando análises genéticas. Em alguns rios da bacia Amazônica,
corredeiras e cachoeiras limitam o fluxo gênico de vários grupos aquáticos e semiaquáticos,
portanto, é necessário estudar os padrões genéticos das espécies principalmente em locais que
são visados para empreendimentos hidrelétricos. Com isso, analisamos a região D-Loop do DNA
mitocondrial de 300 tracajás adultos de diferentes rios da drenagem da Amazônia brasileira,
determinando padrões de organização da variabilidade genética e avaliando a interferência de
barreiras naturais aos indivíduos. Foram medidos o número de haplótipos, número de sítios
segregantes, a diversidade haplotípica, diversidade nucleotídicas, testes de neutralidade, AMOVA
e foi construída uma rede de haplótipos. Para medir os níveis de estruturação entre as localidades
inferimos o índice de fixação ФST, a quantidade de grupos biológicos na amostra, nível de fluxo
genético, teste de Mantel, e por fim, foram estimadas as barreiras naturais ao fluxo gênico usando
o programa Barrier. Encontramos altos valores de diversidade genética e um fluxo genético restrito
com altos níveis de estruturação entre as localidades. As diferenças dentro dos rios Madeira,
Tapajós, Trombetas, Xingu e Tocantins-Araguaia possivelmente são causadas pelas cachoeiras e
corredeiras. Sugerimos 8 Unidades de Manejo distintas: Barreirinha, Médio rio Trombetas, rio
Tapajós, montante da cachoeira da Volta Grande do Xingu, jusante da cachoeira da Volta Grande
do Xingu, rio Guaporé, bacia Tocantins-Araguaia e um grupo da região da várzea amazônica com
as demais localidades. Indicamos a utilização de nossos dados na tomada de decisão de locais de
soltura de filhotes em projetos de manejo participativo de quelônios amazônicos, nas decisões sobre
implantação de empreendimentos e na fiscalização e apreensão do comércio ilegal de tracajás,
além de ressaltar a importância do estudo da espécie através de outros marcadores moleculares, a
fim de auxiliar na conservação dos tracajás
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