A diversidade do continente americano é um convite para discussões acerca das interações entre suas distintas coletividades, em suas múltiplas dimensões da vida cotidiana, como a cultura, sociedade e política. O Brasil é laboratório desse cenário e desafia esforços investigativos nos campos do conhecimento social. Isto verifica-se primordialmente devido às crises oriundas dos choques entre vetores políticos e culturais, nos infindáveis conflitos nos campos do poder, exteriorizado em crenças, espaços e corpos. Exemplo desses ambientes de conflitos é a região amazônica, considerada um território não apenas de biodiversidade, mas de pluralidade de existências e modos de vida, de complexidade de sistemas composto em um logos específico mantenedor de línguas, saberes, espiritualidades dentre outros substratos que individualiza a identidade regional, sem limitá-la ou reduzi-la em um contexto de monocultura, mas de convivência. Todavia, como a estrutura epistemológica para o debate é, quase na totalidade, exógena à América Latina e à Amazônia indaga-se: a temática da emancipação e participação latino americana foi consideradas nos mais sensíveis conceitos do Protocolo de Nagóia? Elementos e suas derivações estão em acordo com o que deles interpreta a comunidade latina desses povos? O sistema institucional do, países que comporta grande parte da Amazônia, é deliberativo à participação dessas estruturas sócio-políticas específicas? Utilizando-se do método fenomenológico hermenêutico, esta dissertação se propõe a analisar a compatibilidade das dimensões da bio e sócio diversidade existentes no Protocolo de Nagóia mediante uma hermenêutica emancipatória do logos amazônico consideradas nas tendências da democracia substancial. Para tal, pretende-se (1) identificar as perspectivas interpretativas hermenêutica de vieses emancipatórios para epistemologias latinas na Amazônia; (2) dialogar a relação entre os direitos da bio e sócio diversidade e os tratados internacionais na perspectiva emancipatória de desenvolvimento na Amazônia como ambiente complexo da América Latina (3) expor a existência de mecanismos de interação e engajamento entre os temas da sócio e biodiversidade em uma perspectiva democrática substancial; (4) evidenciar compatibilidade entre tópicos do Protocolo de Nagóia quanto sua pertinência para a América Latina e para a Amazônia. A dissertação demonstra que a análise hermenêutica de instrumentos que normatizam o tópico sobre patrimônio genético e conhecimento tradicional associado, em seu respectivo contexto social e político, em primazia a uma visão emancipatória dos direitos da sócio e bio diversidade na Amazônia, principalmente no tocante aos debates sobre o Protocolo de Nagoia, expõe uma contradição principiológica a respeito de consenso, consulta e democracia participativa sobre caminhos os quais tais direitos devem seguir, principalmente no tocante à deliberação dos grupos interessados.
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