Um dos grandes problemas quanto a conservação de pequenos mamíferos é a escassez de conhecimento científico básico, principalmente de taxonomia, sistemática, distribuição e história natural, aliado a isso a perda e a fragmentação de habitat, resultantes de atividades humanas relacionadas ao desenvolvimento econômico através do crescimento de áreas cultivadas e urbanas, aumento da densidade populacional e aumento da malha rodoviária tornam o cenário ainda mais preocupante. Quando ocorre a fragmentação ambiental, populações pequenas e subdivididas ficam mais suscetíveis aos efeitos demográficos e genéticos, que parecem ser maiores em pequenos mamíferos devido às suas elevadas taxas naturais de flutuação populacional derivados de suas limitadas habilidades de movimentação e sobrevivência fora das manchas de habitat, tendendo a criar populações isoladas.
Nos últimos anos, a pesquisa sobre filogeografia molecular nos neotrópicos tem dado uma contribuição substancial ao estudo da diversidade evolutiva. Vários trabalhos se propuseram em investigar os padrões filogeográficos em vertebrados, gerando hipóteses biogeográficas. No caso de pequenos mamíferos, já se testou para vários grupos taxonômicos a relação de parentesco existente entre táxons distribuídos pelos distintos biomas.
Apesar da importância da diversidade amazônica, poucos estudos filogeográficos estão disponíveis para os vários grupos taxonômicos existentes, sendo que os limites entre espécies de pequenos mamíferos são mal compreendidos e aparecem como um reflexo da escassez de amostragem disponível para análise. O número de espécies de muitos gêneros da Amazônia é subestimado, em razão da dificuldade de distinção entre diferenciação geográfica e variações individuais, especialmente entre os marsupiais e roedores.
Em vista do atual estado de degradação ambiental e dos futuros impactos previstos com a implantação dos planos de desenvolvimento propostos para a Amazônia, faz-se necessário mais do que nunca a compreensão da dinâmica evolutiva da biota da floresta da planície amazônica.
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