Uma questão importante na piscicultura é o entendimento a cerca das condições ambientais das espécies criadas. A importância de fatores físicos e biológicos define as condições de crescimento das espécies no ambiente de confinamento. As características indicadas pela região amazônica indicam grande potencial para a atividade na região. A Matrinxã (Brycon amazonicus) é vista como uma espécie potencial para a piscicultura devido seu valor comercial, sendo uma das espécies mais encontradas nas feiras da região e com boa aceitação do consumidor. Com a queda no crescimento da pesca extrativista a aquicultura passou a ocupar espaço nas atividades econômicas do país havendo um crescimento no setor. A manutenção dos ecossistemas é de grande importância pois diversos fatores são levados em conta para a declividade do estoque.Estudos de variabilidade genética são fundamentais para piscicultura para um manejo correto, porém os mesmos são escassos e os existentes estão voltados para estocagem, reprodução e nutrição. Em ambientes de cultivo há uma redução na variabilidade o que acaba reduzindo, pois geralmente são utilizados poucos indivíduos para a reprodução, logo é de grande importância estabelecer os níveis de variabilidade. Por meio da variabilidade é possível determinar os reprodutores mais heterogêneos e inferir sobre a prole para evitar o cruzamento de animais com grande parentesco. É fundamental o genético, pois quanto maior a variabilidade menor será a chance de perdas no estoque por conta de mudanças ambientais, por exemplo. Os marcadores moleculares são sequências de nucleotídios que detectam polimorfismo gênico, sinalizam genes de resistência a doenças e pragas, por exemplo. Há inúmeros marcadores moleculares para a realização do trabalho, porém o escolhido foi o AFLP(Polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados), pois os mesmos oferecem uma metodologia mais acessível. Os peixes em estudos são Matrinxãs oriundas do lago Catalão e mantidas em cativeiro na fazenda experimental da UFAM.
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