Dissertação

Identificação de camarões de água doce coletados na região do Baixo Amazonas por meio de marcadores moleculares

The shrimps are arthropods belonging to the subfamily Crustacea, order Decapoda, which in the Amazon are represented by 18 species distributed in 3 families (Euryrhynchidae, Palaemonidae and Sergestidae). But a diversity of prawns in the Lower Amazon region still needs to be better known. However, a...

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Autor principal: ÁVILA, Felipe Fernandes de
Grau: Dissertação
Idioma: pt_BR
Publicado em: Universidade Federal do Oeste do Pará 2021
Assuntos:
Camarões
Genética
Baixo Amazonas
CNPQ::CIÊNCIAS EXATAS E DA TERRA
ESTUDOS E MANEJOS DE ECOSSISTEMAS AMAZÔNICOS
Acesso em linha: https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/230
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spelling ir-123456789-2302021-02-18T15:09:31Z Identificação de camarões de água doce coletados na região do Baixo Amazonas por meio de marcadores moleculares ÁVILA, Felipe Fernandes de COELHO, Gabriel Iketani Camarões Genética Baixo Amazonas CNPQ::CIÊNCIAS EXATAS E DA TERRA ESTUDOS E MANEJOS DE ECOSSISTEMAS AMAZÔNICOS The shrimps are arthropods belonging to the subfamily Crustacea, order Decapoda, which in the Amazon are represented by 18 species distributed in 3 families (Euryrhynchidae, Palaemonidae and Sergestidae). But a diversity of prawns in the Lower Amazon region still needs to be better known. However, an identification by use of taxonomic keys is especially difficult due to the high degree of conservatism and intraspecific variation of the main characters analyzed. In the last 20 years, molecular biology techniques have contributed greatly to the resolution of doubts regarding the morphological variations that are generated by phenotypic plasticity, which would be related to distinct lineages. The present study aimed to identify, using mitochondrial and nuclear molecular markers, prawns collected in the Lower Amazon region. Obtaining the genetic material (total genomic DNA) was done by using the Wizard Genomic - Promega Kit. Partial sequences of the mitochondrial COI and 16S genes were obtained in both directions of the DNA strand, as well as partial sequences of the 28S nuclear gene. The sequences were aligned in the program CodonCode Aligner v7.0.1 (CodonCode Corporation). The analysis of inter and intraspecific genetic variability was made by calculating the p distance with evolutionary model Kimura 2 parameters (K2P) for the COI sequences. For the 16S and 28S markers the uncorrected p-distance was calculated. In all cases the MEGA v7.0 program was used. In addition, Neighbor Cluster trees (NJ) were also constructed using the MEGA v7.0 program. Of the 85 sequences obtained for COI, 39 showed signs of double peaks distributed among M. amazonicum and M. brasiliense species and were excluded from most analyzes. The analysis of the genetic distances associated to the analyzes of the phylogenetic trees obtained with the sequences without double peaks for the three markers, revealed new records for the region of Lower Amazon (PA) and state of Amazonas, Nhamundá municipality. These analyzes also suggested a new species in Macrobrachuim Bate, 1868 and another one in Palaemon Weber 1795. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Os camarões são artrópodes pertencentes ao subfilo Crustacea, ordem Decapoda, que na Amazônia está representada por 18 espécies distribuídas em 3 famílias (Euryrhynchidae, Palaemonidae e Sergestidae). Mas a diversidade de camarões na região do Baixo Amazonas ainda precisa ser melhor conhecida. Porém, a identificação por uso de chaves taxonômicas é especialmente difícil devido ao alto grau de conservadorismo interespecífico e variação intraespecífica dos principais caracteres analisados. Nos últimos 20 anos o avanço das técnicas de biologia molecular tem contribuído muito para resolução de dúvidas a respeito das variações morfológicas que seriam geradas pela plasticidade fenotípica, daquelas que provavelmente estariam relacionadas a linhagens distintas. O presente estudo teve como objetivo identificar camarões coletados na região do Baixo Amazonas por meio de dois marcadores moleculares mitocondriais e um nuclear. A obtenção do material genético (DNA genômico total) deu-se pelo uso do Kit Wizard Genomic-Promega. Foram obtidas sequências parciais dos genes mitocondriais COI e 16S em ambos os sentidos da fita de DNA, bem como sequências parciais do gene nuclear 28S. As sequências foram alinhadas no programa CodonCode Aligner v7.0.1 (CodonCode Corporatio). A análise da variabilidade genética interespecífica e intraespecífica foi feita por meio do cálculo da distância p com modelo evolutivo Kimura 2 parâmetros (K2P), para as sequências de COI. Para os marcadores 16S e 28S foi calculada a distância p não corrigida. Em todos os casos foi utilizado o programa MEGA v7.0). Além disso, foram construídas árvores de Agrupamentos de Vizinhos (NJ) também com uso do programa MEGA v7.0. Das 85 sequências obtidas para COI, 39 apresentaram indícios de picos duplos distribuídos entre as espécies M. amazonicum e M. brasiliense, sendo excluídas da maioria das análises. A análise das distâncias genéticas associadas as análises das árvores filogenéticas obtidas com as sequências sem picos duplos para os três marcadores, revelou novos registros para a região do Baixo Amazonas (PA) e estado do Amazonas, município Nhamundá. Estas análises também sugeriram uma nova espécie em Macrobrachuim Bate, 1868 e outra em Palaemon Weber 1795. 2021-02-18T15:08:50Z 2021-02-18T15:08:50Z 2017-06 Dissertation ÁVILA, Felipe Fernandes de. Identificação de camarões de água doce coletados na região do Baixo Amazonas por meio de marcadores moleculares. Orientador: Gabriel Iketani Coelho. 2017. 48 f. Dissertação (Mestrado em Recursos Naturais da Amazônia) - Programa de Pós-graduação em Recursos Naturais da Amazônia, Universidade Federal do Oeste do Pará, Santarém, 2017. Disponível em:https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/230. Acesso:. https://repositorio.ufopa.edu.br/jspui/handle/123456789/230 pt_BR Acesso Aberto Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/ application/pdf Universidade Federal do Oeste do Pará Brasil Programa de Pós-Graduação em Recursos Naturais da Amazônia UFOPA Instituto de Engenharia e Geociências 1 CD-ROM
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