Tese

Perfil de expressão diferencial de microRNAs durante o armazenamento prolongado de concentrados de plaquetas em banco de sangue

Platelet concentrate (PC) is a key blood component, which even in good storage conditions, susceptible to cellular damage over time. Hence, blood banks discard unused PC bags after 5 days of storage. Biomarkers of PC quality are therefore highly sought after in blood bank governance. We used the dat...

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Autor principal: MAUÉS, Jersey Heitor da Silva
Grau: Tese
Idioma: por
eng
Publicado em: Universidade Federal do Pará 2019
Assuntos:
Plaquetas (Sangue) - Conservação
Células sanguíneas
MicroRNA
Expressão gênica
Biomarcadores
Bancos de sangue
CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MORFOLOGIA::CITOLOGIA E BIOLOGIA CELULAR
Acesso em linha: http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/11253
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spelling ir-2011-112532024-09-18T16:10:52Z Perfil de expressão diferencial de microRNAs durante o armazenamento prolongado de concentrados de plaquetas em banco de sangue MAUÉS, Jersey Heitor da Silva BURBANO, Rommel Mario Rodriguéz http://lattes.cnpq.br/4362051219348099 Plaquetas (Sangue) - Conservação Células sanguíneas MicroRNA Expressão gênica Biomarcadores Bancos de sangue CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::MORFOLOGIA::CITOLOGIA E BIOLOGIA CELULAR Platelet concentrate (PC) is a key blood component, which even in good storage conditions, susceptible to cellular damage over time. Hence, blood banks discard unused PC bags after 5 days of storage. Biomarkers of PC quality are therefore highly sought after in blood bank governance. We used the data (Gene Expression Omnibus: GSE61856) generated with next-generation sequencing to examine the expression profiles of microRNAs (miRNAs) from PCs that were stored for 6 days in a blood bank, that is, 1 day longer than is normally stored PC. We identified the 14 most differentially expressed miRNAs by comparing a control PC on the first day of storage with the PCs on each of the subsequent 5 days of storage from day 1 to 6. In all, we identified nine miRNAs with the downregulated profile (miR-145-5p, miR-150-5p, miR-183-5p, miR-26a-5p, miR-331-3p, miR-338-5p, miR-451a, miR-501-3p, and miR-99b-5p) and five upregulated miRNAs (miR-1304-3p, miR-411-5p, miR-432-5p, miR-668-3p, and miR-939-5p). These miRNAs were validated by real-time quantitative PCR in 100 PC units. As each PC unit is composed of platelets of five individuals, the validation was thus performed in 500 individuals (250 men and 250 women, comprised 18–40 years old adults). The data were analyzed with hierarchical clustering and principal component analysis, which revealed the variation of mean relative expression and the instability of miRNAs half-life on the fourth day of PC storage, which coincides with time of onset of platelet storage lesions. These new observations can usefully inform future decision-making and governance in blood banks concerning PC quality. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior O concentrado de plaquetas (CP) é um componente essencial do sangue que, mesmo em boas condições ideais de armazenamento, é suscetível a danos celulares ao longo do tempo. Assim, os bancos de sangue descartam bolsas de CP não utilizadas após cinco dias de armazenamento. Os biomarcadores da qualidade do CP são, portanto, muito procurados na governança do banco de sangue. Nesse trabalho foram usados os dados (Gene Expression Omnibus: GSE61856) gerados com NGS – Next Generation Sequencing (Sequenciamento de Próxima Geração) para examinar os perfis de expressão de microRNAs (miRNAs) de CPs que foram armazenados por seis dias em um banco de sangue, ou seja, um dia a mais do que é normalmente armazenado o CP. Foram identificados 14 miRNAs diferencialmente expressos, comparando um CP controle do primeiro dia de armazenamento com os CPs alvos de cada um dos cinco dias subsequentes de armazenamento (do primeiro ao sexto dia). Ao todo, foram identificados nove miRNAs com o perfil downregulated ou diminuição de expressão (miR-145-5p, miR-150-5p, miR-183-5p, miR-26a-5p, miR-331-3p, miR-338-5p, miR-451a, miR-501-3p e miR-99b-5p) e cinco miRNAs com o perfil upregulated ou aumento de expressão (miR-1304-3p, miR-411-5p, miR-432-5p, miR-668-3p e miR-939-5p). Esses miRNAs foram validados por PCR quantitativo em tempo real em 100 unidades de CPs. Como cada unidade de CP é composta por plaquetas de cinco indivíduos, a validação foi realizada em 500 indivíduos (250 homens e 250 mulheres, com idade entre 18 e 40 anos). Os dados foram analisados com agrupamento hierárquico e Análise de Componentes Principais (PCA), que revelaram como variação da média da expressão relativa refletiu a instabilidade da meia-vida dos miRNAs no quarto dia de armazenamento dos CPs, coincidido com o tempo de aparecimento das lesões de armazenamento plaquetário. Essas novas observações podem informar de maneira útil a futura tomada de decisões na governança dos bancos de sangue sobre a qualidade dos CPs. 2019-06-06T18:15:38Z 2019-05-01 2019-06-06T18:15:38Z 2019-02-28 Tese MAUÉS, Jersey Heitor da Silva. Perfil de expressão diferencial de micrornas durante o armazenamento prolongado de concentrados de plaquetas em banco de sangue. Orientador: Rommel Mário Rodríguez Burbano. 2019. 148 f. Tese (Doutorado em Neurociências e Biologia Celular) - Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal do Pará, Belém, 2019. Disponível em: http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/11253. Acesso em:. http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/11253 por eng Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Pará Brasil Instituto de Ciências Biológicas UFPA Programa de Pós-Graduação em Neurociências e Biologia Celular 1 CD-ROM
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description Platelet concentrate (PC) is a key blood component, which even in good storage conditions, susceptible to cellular damage over time. Hence, blood banks discard unused PC bags after 5 days of storage. Biomarkers of PC quality are therefore highly sought after in blood bank governance. We used the data (Gene Expression Omnibus: GSE61856) generated with next-generation sequencing to examine the expression profiles of microRNAs (miRNAs) from PCs that were stored for 6 days in a blood bank, that is, 1 day longer than is normally stored PC. We identified the 14 most differentially expressed miRNAs by comparing a control PC on the first day of storage with the PCs on each of the subsequent 5 days of storage from day 1 to 6. In all, we identified nine miRNAs with the downregulated profile (miR-145-5p, miR-150-5p, miR-183-5p, miR-26a-5p, miR-331-3p, miR-338-5p, miR-451a, miR-501-3p, and miR-99b-5p) and five upregulated miRNAs (miR-1304-3p, miR-411-5p, miR-432-5p, miR-668-3p, and miR-939-5p). These miRNAs were validated by real-time quantitative PCR in 100 PC units. As each PC unit is composed of platelets of five individuals, the validation was thus performed in 500 individuals (250 men and 250 women, comprised 18–40 years old adults). The data were analyzed with hierarchical clustering and principal component analysis, which revealed the variation of mean relative expression and the instability of miRNAs half-life on the fourth day of PC storage, which coincides with time of onset of platelet storage lesions. These new observations can usefully inform future decision-making and governance in blood banks concerning PC quality.
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