An?lise genot?pica de cepas de norav?rus provenientes de Manaus, Amazonas, no peri?do de 2010-2014
Resumo: Mundialmente, os norov?rus (NoV) constituem uma das principais causas de gastrenterite aguda (GA). Durante os ?ltimos anos, t?m-se observado a ascens?o desses v?rus como agentes causadores de diarreia, sendo atualmente a segunda maior causa de GA viral em crian?as e o principal respons?ve...
| Autor principal: | Hernandez, Juliana das Merc?s |
|---|---|
| Grau: | Dissertação |
| Idioma: | por |
| Publicado em: |
Instituto Evandro Chagas
2018
|
| Assuntos: | |
| Acesso em linha: |
http://patua.iec.gov.br//handle/iec/3126 |
| id |
ir-iec-3126 |
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ir-iec-31262019-05-30T19:21:30Z An?lise genot?pica de cepas de norav?rus provenientes de Manaus, Amazonas, no peri?do de 2010-2014 Hernandez, Juliana das Merc?s Gabbay, Yvone Benchimol Silva, Luciana Damascena da Leite, Jos? Paulo Gagliardi Machado, Luiz Fernando Almeida Silvestre, Rodrigo Vellasco Duarte Norovirus / patogenicidade Norovirus / virologia Gastroenterite / virologia Fezes / virologia Recombina??o Gen?tica Regi?o Norte (BR) Manaus (AM) Resumo: Mundialmente, os norov?rus (NoV) constituem uma das principais causas de gastrenterite aguda (GA). Durante os ?ltimos anos, t?m-se observado a ascens?o desses v?rus como agentes causadores de diarreia, sendo atualmente a segunda maior causa de GA viral em crian?as e o principal respons?vel por surtos de diarreia n?o-bacterianos. O objetivo deste estudo foi realizar a genotipagem e caracteriza??o filogen?tica dos NoV detectados em amostras fecais de crian?as com GA provenientes da cidade de Manaus, Amazonas, durante o per?odo de janeiro de 2010 a dezembro de 2014. Neste trabalho, foram analisadas amostras fecais positivas para NoV pelo ensaio imunoenzim?tico (EIE). Primeiramente, foi realizada a Rea??o em Cadeia da Polimerase Precedida de Transcri??o Reversa (RT-PCR) para as regi?es B da polimerase e D do caps?deo viral, utilizando os iniciadores Mon 431/432/433/434 e Cap C, D1 e D3, respectivamente. Vinte por cento das amostras caracterizadas como gen?tipo GII.4 foram testadas e sequenciadas tamb?m com os iniciadores EVP2F/EVP2R espec?ficos para a regi?o P2 do caps?deo viral. Nas amostras com gen?tipos discordantes quando comparadas as regi?es da polimerase e do caps?deo (D), sugestivas de recombina??o, foi realizada uma PCR para sequenciamento da regi?o de jun??o da ORF1-ORF2 utilizando os iniciadores Mon 431 e G2SKR. As an?lises filogen?ticas foram realizadas por M?ximaVerossimilhan?a utilizando-se o programa IQTree v.1.3.0 com 1000 r?plicas de bootstrap. Edi??es nas ?rvores filogen?ticas foram feitas com o programa FigTree v.1.4.2 e as an?lises dos ep?topos da regi?o P2 no programa MEGA 6. As an?lises de recombina??o foram realizadas com as configura??es padr?es do programa SimPlot (v.3.5.1). Durante os anos de 2010 a 2014, os NoV foram detectados em 33,1% (349/1053) das amostras testadas pelo EIE. Dentre estas, 250 foram testadas por RT-PCR e 75,6% (189) amplificaram por pelo menos uma regi?o do genoma, permitindo a genotipagem. A an?lise filogen?tica demonstrou os seguintes gen?tipos: GII.Pe/GII.4 Sydney_2012, GII.P4/GII.4 New Orleans_2009, GII.P8/GII.8, GII.P12/GII.12, GII.P15/GII.15, GI.P5/GI.5, GII.P4_US95_96/NG, al?m das cepas recombinantes GII.P7/GII.6, GII.P22/GII.5, GII.Pg/GII.1, GII.Pg/GII.12. O gen?tipo mais frequente foi o GII.4, na forma de suas variantes Sydney_2012 e New Orleans_2009, as quais foram respons?veis por 52,4% (99/189) dos casos. Nos anos de 2010 e 2011, observouse a circula??o da cepa GII.P4/GII.4 New Orleans_2009 em maior frequ?ncia. A partir de junho de 2012, essa cepa foi substitu?da pela cepa Sydney_2012, a qual predominou at? o final do estudo em 2014. A an?lise da regi?o P2 demonstrou que nove cepas New Orleans_2009 apresentavam mudan?as aminoac?dicas no amino?cido (AA) 294 localizado no ep?topo A e duas no AA 413 no ep?topo E. Nas cepas Sydney_2012 foram identificadas cinco mudan?as nos AA nos ep?topos antig?nicos, s?o elas: 297 e 372 (ep?topo A), 340 (ep?topo C), 393 (ep?topo D) e 412 (ep?topo E). Ressalta-se a import?ncia de dar continuidade a estudos epidemiol?gicos e moleculares como este, a fim de se monitorar a incid?ncia desse pat?geno na popula??o, bem como identificar os gen?tipos circulantes, uma vez que os NoV sofrem frequentemente eventos de muta??o e recombina??o. 2018-04-06T12:58:59Z 2018-04-06T12:58:59Z 2016 Disserta??o HERNANDEZ, Juliana das Merc?s. An?lise genot?pica de cepas de norav?rus provenientes de Manaus, Amazonas, no peri?do de 2010-2014. 97 f. Disserta??o (Mestrado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas, Programa de P?s-Gradua??o em Virologia, Ananindeua, 2016. http://patua.iec.gov.br//handle/iec/3126 por Acesso Aberto application/pdf Instituto Evandro Chagas |
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Instituto Evandro Chagas (IEC) |
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Resumo: Mundialmente, os norov?rus (NoV) constituem uma das principais causas de gastrenterite
aguda (GA). Durante os ?ltimos anos, t?m-se observado a ascens?o desses v?rus como agentes
causadores de diarreia, sendo atualmente a segunda maior causa de GA viral em crian?as e o
principal respons?vel por surtos de diarreia n?o-bacterianos. O objetivo deste estudo foi
realizar a genotipagem e caracteriza??o filogen?tica dos NoV detectados em amostras fecais
de crian?as com GA provenientes da cidade de Manaus, Amazonas, durante o per?odo de
janeiro de 2010 a dezembro de 2014. Neste trabalho, foram analisadas amostras fecais
positivas para NoV pelo ensaio imunoenzim?tico (EIE). Primeiramente, foi realizada a
Rea??o em Cadeia da Polimerase Precedida de Transcri??o Reversa (RT-PCR) para as regi?es
B da polimerase e D do caps?deo viral, utilizando os iniciadores Mon 431/432/433/434 e Cap
C, D1 e D3, respectivamente. Vinte por cento das amostras caracterizadas como gen?tipo
GII.4 foram testadas e sequenciadas tamb?m com os iniciadores EVP2F/EVP2R espec?ficos
para a regi?o P2 do caps?deo viral. Nas amostras com gen?tipos discordantes quando
comparadas as regi?es da polimerase e do caps?deo (D), sugestivas de recombina??o, foi
realizada uma PCR para sequenciamento da regi?o de jun??o da ORF1-ORF2 utilizando os
iniciadores Mon 431 e G2SKR. As an?lises filogen?ticas foram realizadas por M?ximaVerossimilhan?a
utilizando-se o programa IQTree v.1.3.0 com 1000 r?plicas de bootstrap.
Edi??es nas ?rvores filogen?ticas foram feitas com o programa FigTree v.1.4.2 e as an?lises
dos ep?topos da regi?o P2 no programa MEGA 6. As an?lises de recombina??o foram
realizadas com as configura??es padr?es do programa SimPlot (v.3.5.1). Durante os anos de
2010 a 2014, os NoV foram detectados em 33,1% (349/1053) das amostras testadas pelo EIE.
Dentre estas, 250 foram testadas por RT-PCR e 75,6% (189) amplificaram por pelo menos
uma regi?o do genoma, permitindo a genotipagem. A an?lise filogen?tica demonstrou os
seguintes gen?tipos: GII.Pe/GII.4 Sydney_2012, GII.P4/GII.4 New Orleans_2009,
GII.P8/GII.8, GII.P12/GII.12, GII.P15/GII.15, GI.P5/GI.5, GII.P4_US95_96/NG, al?m das
cepas recombinantes GII.P7/GII.6, GII.P22/GII.5, GII.Pg/GII.1, GII.Pg/GII.12. O gen?tipo
mais frequente foi o GII.4, na forma de suas variantes Sydney_2012 e New Orleans_2009, as
quais foram respons?veis por 52,4% (99/189) dos casos. Nos anos de 2010 e 2011, observouse
a circula??o da cepa GII.P4/GII.4 New Orleans_2009 em maior frequ?ncia. A partir de
junho de 2012, essa cepa foi substitu?da pela cepa Sydney_2012, a qual predominou at? o
final do estudo em 2014. A an?lise da regi?o P2 demonstrou que nove cepas New
Orleans_2009 apresentavam mudan?as aminoac?dicas no amino?cido (AA) 294 localizado no
ep?topo A e duas no AA 413 no ep?topo E. Nas cepas Sydney_2012 foram identificadas cinco
mudan?as nos AA nos ep?topos antig?nicos, s?o elas: 297 e 372 (ep?topo A), 340 (ep?topo C),
393 (ep?topo D) e 412 (ep?topo E). Ressalta-se a import?ncia de dar continuidade a estudos
epidemiol?gicos e moleculares como este, a fim de se monitorar a incid?ncia desse pat?geno
na popula??o, bem como identificar os gen?tipos circulantes, uma vez que os NoV sofrem
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