Dentre as popula??es de animais acometidas por v?rus gastroentericos, destacam-se os animais dom?sticos e silvestres como pequenos roedores e quir?pteros. Diversos enteropat?genos s?o descritos como agentes de gastroenterite entre estas esp?cies animais, com destaque para os Rotav?rus (RVA), que s?o membros da fam?lia Reoviridae. S?o end?micos nas popula??es animais em todo o mundo, podendo favorecer eventos de transmiss?o zoon?tica com a participa??o de outras estirpes virais como Kobuvirus, Alphacoronavirus, Astrovirus e Morbilivirus. Neste estudo, objetivou-se realizar a pesquisa de v?rus ent?ricos em uma popula??o de animais dom?sticos e silvestres pertencentes a um fragmento florestal localizado em tr?s munic?pios no estado do Par?, utilizando metodologias moleculares. Foram selecionadas para este estudo um total de 1354 amostras fecais, sendo 451 (33,30%) provenientes de Santa B?rbara, 267 (19,72%) de Peixe-Boi e 636 (46,98 %) de Viseu coletadas no per?odo de setembro de 2015 ? maio de 2016 atrav?s da estimula??o da ampola retal dos animais. A partir das amostras foram preparadas as suspens?es fecais em tamp?o Tris Ca++, seguida da extra??o do genoma viral de forma automatizada, associando-se ? RT-PCR, Nested-PCR para amplifica??o dos genes VP7 e VP4 de RVA e para uma melhor caracteriza??o procedeu-se o NGS pela plataforma Illumina, utilizando-se pools fecais dos animais, de acordo com a esp?cie animal e a ?rea de coleta, em tamp?o PBS (pH 7,4), sendo a extra??o do genoma realizada pelo kit de tecido Maxwell (Promega), precedido da montagem da biblioteca de cDNA. A mesma foi preparada e sequenciada na plataforma Illumina MiniSeq utilizando a metodologia descrita no kit de prepara??o da biblioteca Nextera XT DNA. Utilizou- se na montagem dos genomas uma metodologia h?brida pelo de novo assembly and reference mapping nos programas Minia e Geneious vers?o 8.1.9, respectivamente. Foram identificados os gen?tipos P[4] e P[6] de RVA, uma nova esp?cie de Kobuvirus canino e de Alphacoronavirus em felino com identidades de nucleot?deos de 92,3% e 91,5%, respectivamente em compara??o a sequ?ncias j? depositadas no NCBI. O estudo evidencia o primeiro genoma completo destes v?rus em animais dom?sticos n?o diarreicos, o que destaca a necessidade de estudos adicionais para melhor determinar a origem e evolu??o destes agentes na regi?o.
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