Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha

Mélo, Ana Rita Quemel; http://lattes.cnpq.br/9396824329198272

Dissertação

Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha

Trema micrantha (L.) Blume é uma espécie florestal nativa do Brasil, pioneira e de crescimento rápido. A espécie apresenta ampla gama de benefícios, desde uso como matéria prima até a conservação do solo e da recuperação de condições normais da floresta. A madeira é usada para edificações leves e co...

ver descrição completa

Autor principal:	Mélo, Ana Rita Quemel
Outros Autores:	http://lattes.cnpq.br/9396824329198272
Grau:	Dissertação
Idioma:	por
Publicado em:	Universidade Federal do Amazonas 2015
Assuntos:	Cannabaceae Molecular marker Genetic diversity Crindiúva Marcador molecular Diversidade genética CIÊNCIAS AGRÁRIAS: RECURSOS FLORESTAIS E ENGENHARIA FLORESTAL
Acesso em linha:	http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4295

id	oai:https:--tede.ufam.edu.br-handle-:tede-4295
recordtype	dspace
spelling	oai:https:--tede.ufam.edu.br-handle-:tede-42952023-06-14T05:03:27Z Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha Mélo, Ana Rita Quemel Lopes, Maria Teresa Gomes http://lattes.cnpq.br/9396824329198272 http://lattes.cnpq.br/9307727443790246 Cannabaceae Molecular marker Genetic diversity Crindiúva Marcador molecular Diversidade genética CIÊNCIAS AGRÁRIAS: RECURSOS FLORESTAIS E ENGENHARIA FLORESTAL Trema micrantha (L.) Blume é uma espécie florestal nativa do Brasil, pioneira e de crescimento rápido. A espécie apresenta ampla gama de benefícios, desde uso como matéria prima até a conservação do solo e da recuperação de condições normais da floresta. A madeira é usada para edificações leves e como lenha. Tem-se verificado fragmentação de populações das espécies arbóreas na Amazônia devido ao desmatamento para agricultura ou pelo extrativismo. Este trabalho teve como objetivo desenvolver iniciadores microssatélites específicos para a espécie Trema micrantha e caracterizar a diversidade genética de uma população natural dessa espécie. Para tanto, foram desenvolvidos locos de microssatélites isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida com esses marcadores, os quais foram usados para caracterizar uma população com indivíduos de T. micrantha, oriundos de Manaus, Amazonas. Foram identificados aleatoriamente na área de estudo, 30 árvores para representar a população. O estudo gerou informações sobre a diversidade genética da população com base nas estimativas das frequências alélicas e genotípicas, foi estimando a magnitude e a distribuição da variabilidade genética dentro da área de amostragem. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 120 colônias. A partir das colônias foram identificados, desenhados e selecionados 41 microssatélites, o que representa 34,17% de enriquecimento. Dentre estes, 11 microssatélites apresentaram produtos de amplificação à 60 oC, sendo 6 (54,5%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,171 a 0,717, com média de 0,438. A heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,133 a 0,308, com média de 0,196. Os marcadores Tmi04, Tmi28 e Tmi36 demonstraram ser moderadamente informativos. Os marcadores microssatélites sintetizados nesse trabalho poderão ser utilizados para a análise de polimorfismo de indivíduos de T. micrantha em outros estudos genéticos. Os genótipos analisados apresentaram um excesso de homozigose na maioria dos locos estudados, sugerindo forte endogamia na população analisada. Trema micrantha (L.) Blume is a native forest species of Brazil, a pioneer and rapid growth. The species has a wide range of benefits, from use as raw material to soil conservation and recovery of normal forest conditions. The wood is used for light buildings and as firewood. There has been fragmentation of populations of tree species in the Amazon due to deforestation for agriculture or by extraction. This study aimed to develop specific microsatellite primers for Trema micrantha species and characterize the genetic diversity of a natural population of this species. Thus, we developed microsatellite loci isolated from a genomic library enriched with these markers, which were used to characterize a population with T. micrantha of individuals, coming from Manaus, Amazonas. Were randomly identified in the study area, 30 trees to represent the population. The study provided information on the genetic diversity of the population based on estimates of allelic and genotypic frequencies, was estimating the magnitude and distribution of genetic variability within the sampling area. From the developed genomic library was obtained and sequenced a total of 120 colonies. From the colonies were identified 41 designed and selected microsatellite, which is 34.17% enrichment. Among these, 11 microsatellites showed amplification products to 60° C, 6 (54.5%) monomorphic for the group of subjects studied. The expected heterozygosity values (He) ranged from 0.171 to 0.717, with an average of 0.438. The observed heterozygosity (Ho) ranged from 0.133 to 0.308, with an average of 0.196. The Tmi04, Tmi28 and Tmi36 markers shown to be moderately informative. Microsatellite markers synthesized in this work can be used for polymorphism analysis of individuals of T. micrantha other genetic studies. The genotypes analyzed showed an excess of homozygosity in most loci, suggesting strong inbreeding in the population studied. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior 2015-07-08T18:39:08Z 2015-02-26 Dissertação MÉLO, Ana Rita Quemel. Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha. 2015. 40 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Florestais e Ambientais) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus, 2015. http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4295 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Amazonas Faculdade de Ciências Agrárias Brasil UFAM Programa de Pós-graduação em Ciências Florestais e Ambientais
institution	TEDE - Universidade Federal do Amazonas
collection	TEDE-UFAM
language	por
topic	Cannabaceae Molecular marker Genetic diversity Crindiúva Marcador molecular Diversidade genética CIÊNCIAS AGRÁRIAS: RECURSOS FLORESTAIS E ENGENHARIA FLORESTAL
spellingShingle	Cannabaceae Molecular marker Genetic diversity Crindiúva Marcador molecular Diversidade genética CIÊNCIAS AGRÁRIAS: RECURSOS FLORESTAIS E ENGENHARIA FLORESTAL Mélo, Ana Rita Quemel Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha
topic_facet	Cannabaceae Molecular marker Genetic diversity Crindiúva Marcador molecular Diversidade genética CIÊNCIAS AGRÁRIAS: RECURSOS FLORESTAIS E ENGENHARIA FLORESTAL
description	Trema micrantha (L.) Blume é uma espécie florestal nativa do Brasil, pioneira e de crescimento rápido. A espécie apresenta ampla gama de benefícios, desde uso como matéria prima até a conservação do solo e da recuperação de condições normais da floresta. A madeira é usada para edificações leves e como lenha. Tem-se verificado fragmentação de populações das espécies arbóreas na Amazônia devido ao desmatamento para agricultura ou pelo extrativismo. Este trabalho teve como objetivo desenvolver iniciadores microssatélites específicos para a espécie Trema micrantha e caracterizar a diversidade genética de uma população natural dessa espécie. Para tanto, foram desenvolvidos locos de microssatélites isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida com esses marcadores, os quais foram usados para caracterizar uma população com indivíduos de T. micrantha, oriundos de Manaus, Amazonas. Foram identificados aleatoriamente na área de estudo, 30 árvores para representar a população. O estudo gerou informações sobre a diversidade genética da população com base nas estimativas das frequências alélicas e genotípicas, foi estimando a magnitude e a distribuição da variabilidade genética dentro da área de amostragem. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 120 colônias. A partir das colônias foram identificados, desenhados e selecionados 41 microssatélites, o que representa 34,17% de enriquecimento. Dentre estes, 11 microssatélites apresentaram produtos de amplificação à 60 oC, sendo 6 (54,5%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,171 a 0,717, com média de 0,438. A heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,133 a 0,308, com média de 0,196. Os marcadores Tmi04, Tmi28 e Tmi36 demonstraram ser moderadamente informativos. Os marcadores microssatélites sintetizados nesse trabalho poderão ser utilizados para a análise de polimorfismo de indivíduos de T. micrantha em outros estudos genéticos. Os genótipos analisados apresentaram um excesso de homozigose na maioria dos locos estudados, sugerindo forte endogamia na população analisada.
author_additional	Lopes, Maria Teresa Gomes
author_additionalStr	Lopes, Maria Teresa Gomes
format	Dissertação
author	Mélo, Ana Rita Quemel
author2	http://lattes.cnpq.br/9396824329198272
author2Str	http://lattes.cnpq.br/9396824329198272
title	Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha
title_short	Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha
title_full	Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha
title_fullStr	Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha
title_full_unstemmed	Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha
title_sort	desenvolvimento de locos de microssatélites para trema micrantha
publisher	Universidade Federal do Amazonas
publishDate	2015
url	http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4295
_version_	1831969264293117952
score	11.753896

Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha

Registros relacionados