Tese

Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests.

O camu-camu (Myrciaria dúbia (H.B.K.) McVaugh) é uma espécie nativa da região Amazônica, cujo fruto apresenta elevado teor de ácido ascórbico (vitamina C). O estudo do genoma funcional em frutos de camu-camu tem como base o seqüenciamento de fragmentos de seqüências expressas - ESTs (Expressed Seque...

ver descrição completa

Autor principal: Silva, Marcicleide Lima da
Outros Autores: http://lattes.cnpq.br/5976681369390514
Grau: Tese
Idioma: por
Publicado em: Universidade Federal do Amazonas 2015
Assuntos:
Myrciaria dubia
Genoma funcional
Expressed Sequence Tag - EST
CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
Acesso em linha: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4385
id oai:https:--tede.ufam.edu.br-handle-:tede-4385
recordtype dspace
spelling oai:https:--tede.ufam.edu.br-handle-:tede-43852016-06-10T12:52:21Z Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests. Silva, Marcicleide Lima da Yuyama, Kaoru http://lattes.cnpq.br/5976681369390514 http://lattes.cnpq.br/8118855127368489 Contim, Luiz Antônio Serrão Souza, Nelcimar Reis Myrciaria dubia Genoma funcional Expressed Sequence Tag - EST CIÊNCIAS BIOLÓGICAS O camu-camu (Myrciaria dúbia (H.B.K.) McVaugh) é uma espécie nativa da região Amazônica, cujo fruto apresenta elevado teor de ácido ascórbico (vitamina C). O estudo do genoma funcional em frutos de camu-camu tem como base o seqüenciamento de fragmentos de seqüências expressas - ESTs (Expressed Sequence Tags). Diante do exposto a presente tese pretende analisar e identificar genes expressos em frutos de camu-camu por meio de seqüenciamento de ESTs. O RNA total foi extraído a partir da casca-polpa. O seqüenciamento da extremidade 5’ de insertos de cDNA foi realizado tanto no Laboratório de Tecnologia do DNA da UFAM e como na Plataforma de Seqüenciamento da EMBRAPA/CENARGEN. As seqüências ESTs obtidas foram submetidas ao Sistema Genoma, programa de anotação genômica que integra programas de gerenciamento de análise e visualização de seqüências nucleotídicas. Os resultados obtidos foram o desenvolvimento de um procedimento eficiente para extração de RNA total de frutos de camu-camu que possibilitou a obtenção de mRNAs de qualidade, utilizados na confecção de cDNAs de tamanhos variados (500pb a 4Kb). A partir do seqüenciamento foram obtidas 3196 ESTs válidas, sendo formados 1546 singletons e 358 contigs, resultando num total de 2586 seqüências ESTs com similaridade a seqüências encontradas no banco de genes. A análise da clusterização da biblioteca revelou um índice de 81% de novidade e 33% de redundância. Cerca de 90% dos contigs apresentaram baixa redundância (2-4 reads por contigs). Os dados da categorização das proteínas identificadas destacaram a categoria modificação pós-traducional, proteína turnover, chaperonas (13,2%). A partir do levantamento das espécies com maior número de ESTs com similaridade a seqüências de camu-camu destacou-se Arabidopsis thaliana com 49%. Cerca de 10 uniques apresentaram altíssima similaridade (e-value 0.0) a genes conhecidos. Os ESTs mais abundantemente expresso em frutos de camu-camu codificam a glutationa s-transferase. Foram observados cerca de 3% de seqüências (97 ESTs) com baixa similaridade (e-value > e-1010) e 15% não apresentaram similaridade com nenhuma seqüência contida no banco de genes. Foram identificadas 138 seqüências ESTs (4,3%) que codificam chaperonas moleculares com destaque à família sHSP que representa 33% das chaperonas expressas. ESTs relacionados ao metabolismo do ácido ascórbico também foram identificados, sendo nove relacionados a síntese e seis voltados para conversão e reciclagem do ácido ascórbico. ESTs relacionados ao amadurecimento e mecanismos de defesa do fruto também foram destacados. The camu-camu (Myrciaria dubia (H.B.K.) McVaugh) is a native sort of the Amazonian region, whose fruit presents elevated content of ascorbic acid (vitamin C). The study of the functional genome in camu-camu fruits has like base the expressed sequence tags sequencing - ESTs. Faced with the displayed the present thesis is going to analyze and identify express genes in camu-camu fruits by means of ESTs sequencing. The total RNA was extracted from the shell-pulp. The extremity 5’sequencing' of cDNA insert was carried out so much in the Technology of the DNA Laboratory (UFAM) and in the Sequencing Platform (EMBRAPA/CENARGEN). The ESTs sequences obtained were submitted to the System Genome, program of genomic annotation that integrates analysis management programs and viewing of nucleotides sequences. It developed an efficient procedure for total RNA extraction of camu-camu fruits that enabled the obtaining of mRNAs of quality, utilized in the making of cDNAs of sizes varied (500pb to 4Kb). From the sequencing were obtained 3196 ESTs valid, being formed 1546 singletons and 358 contigs, resulting of 2586 ESTs sequences in total with similarity the sequences found in the gene bank. The analysis library clusterization revealed an index of 81% novelty and 32,54% redundancy. Around 90% of the contigs presented decrease redundancy (2-4 reads by contigs). The facts of the categorization of the proteins identified detached the posttranslational modification, protein turnover, chaperones (13,2%) category. From the hoist of the species with bigger number of ESTs with similarity the camu-camu sequences detached itself Arabidopsis thaliana with 49%. Around 10 uniques presented very high similarity (and-value 0.0) to known genes. The ESTs more abundantly express in camu-camu fruits encode to gluthatione s-transferase. They were observed around 3% sequences (97 ESTs) with decrease similarity (e-value > e-10) and 15% did not they present similarity with no contained sequence in the gene bank. They were identified 138 ESTs sequences (4,3%) that they encode molecular chaperones with prevalence of the sHSP family that represents 33% of express chaperones. ESTs related to the ascorbic acid metabolism also were identified, being nine related the synthesis and six come back for ascorbic acid conversion and recycling. ESTs related to the ripening and mechanisms of defense of the fruit also were noticeable. CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico 2015-07-15T18:19:56Z 2006-06-22 Tese SILVA, Marcicleide Lima da. Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests. 2006. 175f. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus, 2006. http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4385 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Amazonas Instituto de Ciências Biológicas Brasil UFAM Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia
institution TEDE - Universidade Federal do Amazonas
collection TEDE-UFAM
language por
topic Myrciaria dubia
Genoma funcional
Expressed Sequence Tag - EST
CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
spellingShingle Myrciaria dubia
Genoma funcional
Expressed Sequence Tag - EST
CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
Silva, Marcicleide Lima da
Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests.
topic_facet Myrciaria dubia
Genoma funcional
Expressed Sequence Tag - EST
CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
description O camu-camu (Myrciaria dúbia (H.B.K.) McVaugh) é uma espécie nativa da região Amazônica, cujo fruto apresenta elevado teor de ácido ascórbico (vitamina C). O estudo do genoma funcional em frutos de camu-camu tem como base o seqüenciamento de fragmentos de seqüências expressas - ESTs (Expressed Sequence Tags). Diante do exposto a presente tese pretende analisar e identificar genes expressos em frutos de camu-camu por meio de seqüenciamento de ESTs. O RNA total foi extraído a partir da casca-polpa. O seqüenciamento da extremidade 5’ de insertos de cDNA foi realizado tanto no Laboratório de Tecnologia do DNA da UFAM e como na Plataforma de Seqüenciamento da EMBRAPA/CENARGEN. As seqüências ESTs obtidas foram submetidas ao Sistema Genoma, programa de anotação genômica que integra programas de gerenciamento de análise e visualização de seqüências nucleotídicas. Os resultados obtidos foram o desenvolvimento de um procedimento eficiente para extração de RNA total de frutos de camu-camu que possibilitou a obtenção de mRNAs de qualidade, utilizados na confecção de cDNAs de tamanhos variados (500pb a 4Kb). A partir do seqüenciamento foram obtidas 3196 ESTs válidas, sendo formados 1546 singletons e 358 contigs, resultando num total de 2586 seqüências ESTs com similaridade a seqüências encontradas no banco de genes. A análise da clusterização da biblioteca revelou um índice de 81% de novidade e 33% de redundância. Cerca de 90% dos contigs apresentaram baixa redundância (2-4 reads por contigs). Os dados da categorização das proteínas identificadas destacaram a categoria modificação pós-traducional, proteína turnover, chaperonas (13,2%). A partir do levantamento das espécies com maior número de ESTs com similaridade a seqüências de camu-camu destacou-se Arabidopsis thaliana com 49%. Cerca de 10 uniques apresentaram altíssima similaridade (e-value 0.0) a genes conhecidos. Os ESTs mais abundantemente expresso em frutos de camu-camu codificam a glutationa s-transferase. Foram observados cerca de 3% de seqüências (97 ESTs) com baixa similaridade (e-value > e-1010) e 15% não apresentaram similaridade com nenhuma seqüência contida no banco de genes. Foram identificadas 138 seqüências ESTs (4,3%) que codificam chaperonas moleculares com destaque à família sHSP que representa 33% das chaperonas expressas. ESTs relacionados ao metabolismo do ácido ascórbico também foram identificados, sendo nove relacionados a síntese e seis voltados para conversão e reciclagem do ácido ascórbico. ESTs relacionados ao amadurecimento e mecanismos de defesa do fruto também foram destacados.
author_additional Yuyama, Kaoru
author_additionalStr Yuyama, Kaoru
format Tese
author Silva, Marcicleide Lima da
author2 http://lattes.cnpq.br/5976681369390514
author2Str http://lattes.cnpq.br/5976681369390514
title Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests.
title_short Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests.
title_full Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests.
title_fullStr Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests.
title_full_unstemmed Estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests.
title_sort estudo de genes expressos em frutos de camu-camu: seqüenciamento de ests.
publisher Universidade Federal do Amazonas
publishDate 2015
url http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4385
_version_ 1831969278164729856
score 11.755432

Registros relacionados