Tese

Transcriptoma de Copaifera multijuga Hayne: montagem e anotação

Copaifera multijuga Hayne é uma espécie de planta de grande porte, popularmente conhecida como copaíba, nativa da América Latina e da África. São amplamente utilizadas na medicina popular amazônica, devido as propriedades do óleo-resina extraído do tronco de suas árvores, utilizado principalment...

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Autor principal: Santos, Eliane Carvalho dos
Outros Autores: http://lattes.cnpq.br/4519145725946392
Grau: Tese
Idioma: por
Publicado em: Universidade Federal do Amazonas 2018
Assuntos:
Copaíba
Òleo-resina
Terpeno
RNA-seq
Copaiba
Oil-resin
Terpene
RNA-seq
CIÊNCIAS BIOLÓGICAS
Acesso em linha: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6728
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spelling oai:https:--tede.ufam.edu.br-handle-:tede-67282018-10-24T05:03:38Z Transcriptoma de Copaifera multijuga Hayne: montagem e anotação Santos, Eliane Carvalho dos Astolfi Filho, Spartaco http://lattes.cnpq.br/4519145725946392 http://lattes.cnpq.br/2699190136695057 Copaíba Òleo-resina Terpeno RNA-seq Copaiba Oil-resin Terpene RNA-seq CIÊNCIAS BIOLÓGICAS Copaifera multijuga Hayne é uma espécie de planta de grande porte, popularmente conhecida como copaíba, nativa da América Latina e da África. São amplamente utilizadas na medicina popular amazônica, devido as propriedades do óleo-resina extraído do tronco de suas árvores, utilizado principalmente como: diurético, laxativo, antitetânico, anti-inflamatório, antitussígeno, cicatrizante e anti-tumoral. Sendo, portanto, de grande importância para pesquisas que visem identificar nas plantas substâncias com potenciais finalidades médicas e biotecnológicas. Por isto, este trabalho visou pesquisar o transcriptoma de C. multijuga Hayne, o qual foi sequênciado utilizando a plataforma 454 Roche, sendo obtido um total de 638.576 reads, montados através da metodologia de novo com auxílio das plataformas MIRA e TRINITY. Sendo gerados, a partir da montagem por TRINITY 53.319 contigs e 62.839 pela montagem MIRA. A anotação do transcriptoma foi realizada utilizando BLASTx (NCBI) e a anotação funcional através do banco Gene Ontology (GO). Os resultados obtidos foram categorizados de acordo com GO, onde os unigenes foram agrupados nas categorias: “Componente Celular” com 6.249 contigs envolvidos nesta categoria, “Função Molecular” com total 17.208 contigs e “Processo Biológico” com 9.499 contigs. Nas três categorias os contigs evidenciados estão envolvidos no metabolismo primário vegetal. Já do metabolismo secundário foram detectados 184 unigenes, sendo organizados em 22 clusters, envolvidos principalmente em respostas ao estresse oxidativo vegetal, compostos terpenos, importantes metabólitos envolvidos na formação do óleo-resina de copaíba, diterpenos (porção resinosa do óleo-resina) e sesquiterpenos (componentes voláteis do óleo) e unigenes relacionados com a pigmentação vegetal tais como: flavonóides, carotenóides e antocianinas. Na análise filogenética foram feitas comparações evolutivas de enzimas de terpenos sintases, componentes de formação do óleo de copaíba, com enzimas do banco de dados NCBI. O unigene de TPS4-2 de C. multijuga mostrou-se mais próximo a outras sequências de terpenos TPS4-2 de Copaifera disponíveis no banco. Com isto, neste trabalho realizou-se o transcriptoma de C. multijuga com a montagem de novo e anotação o que leva a perspectiva de estudos com os unigenes codificadores de enzimas componentes do óleo-resina evidenciados neste trabalho, visando com isto futuras pesquisas para fins biotecnológicos. Copaifera multijuga Hayne is a large plant species, popularly known as copaiba, native to Latin America and Africa. They are widely used in Amazonian folk medicine, due to the properties of oleoresin extracted from the trunk of their trees, mainly used as: diuretic, laxative, anti-tetanic, anti-inflammatory, antitussive, healing and anti-tumor. Therefore, it is of great importance for research aimed at identifying in plants substances with potential medical and biotechnological purposes. Therefore, this work aimed to search for the transcriptome of C. multijuga Hayne, which was sequenced using the Roche 454 platform, obtaining a total of 638,576 reads, assembled using the de novo methodology using the MIRA and TRINITY platforms. Being generated, from the assembly by TRINITY 53.319 contigs and 62.839 by assembly MIRA. The transcriptome annotation was performed using BLASTx (NCBI) and the functional annotation through the Gene Ontology (GO) bank. The results were categorized according to GO, where the contigs were grouped in the categories: "Cell Component" with 6.249 contigs involved in this category, "Molecular Function" with a total of 17.208 contigs and "Biological Process" with 9,499 contigs. In the three categories the contigs evidenced are involved in the primary plant metabolism. A total of 184 unigenes were detected in 22 clusters, mainly involved in responses to plant oxidative stress, terpenes, important metabolites involved in the formation of copaiba oleoresin, diterpenes (resinous portion of oleoresin) and sesquiterpenes (volatile components of oil) and unigenes related to vegetal pigmentation such as: flavonoids, carotenoids and anthocyanins. In phylogenetic analysis, evolutionary comparisons of terpene synthase enzymes, copaiba oil formation components, with enzymes from the NCBI database were made. C. multijuga TPS4-2 unigene had similarity to other Copaifera TPS4-2 terpene sequences available from the bank. Thus, in this work the transcriptome of C. multijuga was carried out with new assembly and annotation, which leads to the perspective of studies with the unigenes encoding enzymes components of the oleoresin evidenced in this work, aiming with this future research for biotechnological purposes. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior 2018-10-23T14:13:43Z 2018-02-05 Tese SANTOS, Eliane Carvalho dos. Transcriptoma de Copaifera multijuga Hayne: montagem e anotação. 2018. 97 f. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus, 2018. https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6728 por Acesso Aberto http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ application/pdf Universidade Federal do Amazonas Instituto de Ciências Biológicas Brasil UFAM Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia
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description Copaifera multijuga Hayne é uma espécie de planta de grande porte, popularmente conhecida como copaíba, nativa da América Latina e da África. São amplamente utilizadas na medicina popular amazônica, devido as propriedades do óleo-resina extraído do tronco de suas árvores, utilizado principalmente como: diurético, laxativo, antitetânico, anti-inflamatório, antitussígeno, cicatrizante e anti-tumoral. Sendo, portanto, de grande importância para pesquisas que visem identificar nas plantas substâncias com potenciais finalidades médicas e biotecnológicas. Por isto, este trabalho visou pesquisar o transcriptoma de C. multijuga Hayne, o qual foi sequênciado utilizando a plataforma 454 Roche, sendo obtido um total de 638.576 reads, montados através da metodologia de novo com auxílio das plataformas MIRA e TRINITY. Sendo gerados, a partir da montagem por TRINITY 53.319 contigs e 62.839 pela montagem MIRA. A anotação do transcriptoma foi realizada utilizando BLASTx (NCBI) e a anotação funcional através do banco Gene Ontology (GO). Os resultados obtidos foram categorizados de acordo com GO, onde os unigenes foram agrupados nas categorias: “Componente Celular” com 6.249 contigs envolvidos nesta categoria, “Função Molecular” com total 17.208 contigs e “Processo Biológico” com 9.499 contigs. Nas três categorias os contigs evidenciados estão envolvidos no metabolismo primário vegetal. Já do metabolismo secundário foram detectados 184 unigenes, sendo organizados em 22 clusters, envolvidos principalmente em respostas ao estresse oxidativo vegetal, compostos terpenos, importantes metabólitos envolvidos na formação do óleo-resina de copaíba, diterpenos (porção resinosa do óleo-resina) e sesquiterpenos (componentes voláteis do óleo) e unigenes relacionados com a pigmentação vegetal tais como: flavonóides, carotenóides e antocianinas. Na análise filogenética foram feitas comparações evolutivas de enzimas de terpenos sintases, componentes de formação do óleo de copaíba, com enzimas do banco de dados NCBI. O unigene de TPS4-2 de C. multijuga mostrou-se mais próximo a outras sequências de terpenos TPS4-2 de Copaifera disponíveis no banco. Com isto, neste trabalho realizou-se o transcriptoma de C. multijuga com a montagem de novo e anotação o que leva a perspectiva de estudos com os unigenes codificadores de enzimas componentes do óleo-resina evidenciados neste trabalho, visando com isto futuras pesquisas para fins biotecnológicos.
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