Este trabalho apresenta diferentes tipos de abordagens filogenéticas, com fins de analisar a filogeografia da espécie Scoloplax dolicholophia, possibilitando responder a hipóteses de distribuição desse grupo, uma vez que esta espécie faz parte de praticamente toda a extensão do Rio Negro, desde São Gabriel da Cachoeira até a foz próximo ao município de Manaus. Foram utilizadas 8 amostras sendo, 1 de São Gabriel da Cachoeira, 2 coletadas no Rio Jufari (Médio Rio Negro), 2 amostras do Rio Tarumã e 3 amostras do município de Iranduba. Os DNAs dessas amostras foram extraídas e sequenciadas (região Citocromo Oxidase I e 16s) no Laboratório Temático de Biologia Molecular no INPA. Essas amostras posteriormente foram analisadas pelos modelos General Time Reversible Model, Gamma Distributed através do software MEGA, para a análise filogenética e Bootstrap 5000 repetições, no mesmo software. Para a distância genética foi utilizado o método P, que resultou em uma maior divergência de 0,0026 para o grupo do Rio Jufari e para o grupo de coletado em Iranduba, e menor divergência para o Grupo de São Gabriel da Cachoeira e Rio Jufari com o valor de 0.0014. Para o número de haplótipos temos 5 regiões que foram acusadas pelo programa DNASP, e configuradas como uma rede de haplótipos no software NETWORK, revelando ligação entre os grupos do Rio Negro, porém, apontam para um isolamento dos exemplares do Município de Iranduba.
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