Caracterização do viroma fecal do sauim-de-coleira, Saguinus bicolor (Primates: Callitrichidae), de vida livre
As perturbações antropogênicas em ambientes naturais estão levando a diversas alterações na ecologia global das doenças, com ênfase para aquelas de origem viral. O estudo dos vírus que ocorrem na fauna selvagem é de suma importância, pois diversas doenças de interesse para a saúde pública são de ori...
| Autor principal: | Souza, Aline Ramos |
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| Outros Autores: | http://lattes.cnpq.br/2849606437354058 |
| Grau: | Dissertação |
| Idioma: | por |
| Publicado em: |
Universidade Federal do Amazonas
2022
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| Assuntos: | |
| Acesso em linha: |
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oai:https:--tede.ufam.edu.br-handle-:tede-89912023-08-25T05:03:32Z Caracterização do viroma fecal do sauim-de-coleira, Saguinus bicolor (Primates: Callitrichidae), de vida livre Souza, Aline Ramos Gordo, Marcelo http://lattes.cnpq.br/2849606437354058 http://lattes.cnpq.br/7974425330619510 Pissinatti, Alcides http://lattes.cnpq.br/9450591091169935 Farias, Izeni Pires http://lattes.cnpq.br/7673734418642222 Animais em extinção - Amazônia Sauim-de-coleira - Amazonas CIENCIAS BIOLOGICAS: ZOOLOGIA CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS Amazônia Central Espécie ameaçada Primata neotropical Sequenciamento massivo Vírus As perturbações antropogênicas em ambientes naturais estão levando a diversas alterações na ecologia global das doenças, com ênfase para aquelas de origem viral. O estudo dos vírus que ocorrem na fauna selvagem é de suma importância, pois diversas doenças de interesse para a saúde pública são de origem zoonótica, sendo os primatas reservatórios de uma gama desses vírus. Com o advento de novas tecnologias, como o sequenciamento massivo (HTS – do inglês high throughput sequencing), os viromas de diversas espécies de animais selvagens estão sendo caracterizados, entretanto, ainda são escassos os trabalhos neste contexto de primatas selvagens brasileiros. O sauim-de-coleira (Saguinus bicolor), primata Criticamente Ameaçado e endêmico do Amazonas, possui populações inseridas em uma área com crescente urbanização e intensa fragmentação florestal, além de habitar áreas sobrepostas com outras espécies de primatas, como o mico-de-cheiro (Saimiri sciureus). Diante disto, é importante conhecer a composição da microbiota viral desses animais, como uma estratégia de vigilância precoce importante no contexto da saúde única e da conservação das espécies. Os objetivos deste trabalho foram: (a) Investigar o viroma fecal de Saguinus bicolor de fragmentos florestais de Manaus; (b) Comparar a riqueza e diversidade do viroma de um grupo de Saguinus bicolor e de um grupo de Saimiri sciureus, inseridos no mesmo fragmento florestal. Realizada a coleta de conteúdo fecal de nove grupos de sauins-de-coleira de vida livre de fragmentos de Manaus, as amostras de cada grupo foram reunidas para compor um pool, seguido pelo sequenciamento massivo e utilização de dois métodos de bioinformática (BLASTx e Kraken) para a caracterização do viroma a nível de famílias virais, com ênfase em vírus de importância para mamíferos. Os dados gerados pelo Kraken foram utilizados para normalização. Os métodos de bioinformática apresentaram grande divergência, sendo o Kraken a ferramenta que identificou em nível de famílias virais a maior diversidade de vírus, inclusive daqueles de importância para mamíferos (29 famílias dos dados brutos), enquanto o BLASTx identificou apenas cinco famílias. Os dados gerados pelo Kraken mostraram que muitas das comunidades virais foram distintas entre os grupos, sugerindo que a composição do viroma desses animais pode estar relacionada com diversas variáveis, desde individuais até ambientais. No capítulo seguinte, foi feita a coleta de esfregaços retais e amostras fecais de um grupo de Saguinus bicolor e de um grupo de Saimiri sciureus, seguido pelo sequenciamento massivo e caracterização do viroma a nível de famílias de vírus de importância para mamíferos. O grupo de sauins-de-coleira apresentou maior riqueza de famílias virais de importância para mamíferos, apresentando após normalização dos dados um total de 18 famílias, enquanto os micos-de-cheiro apresentaram 16 famílias, com compartilhamento de 12 famílias virais para ambos os grupos. O material fecal mostrou maior riqueza quando comparado aos esfregaços retais. Os viromas dos grupos de primatas estudados mostraram que esses animais podem abrigar uma grande variedade de famílias virais de importância para infecções de mamíferos. Diante disso, é necessário realizar o aprofundamento das pesquisas nessas famílias virais para verificar se os vírus que estão ocorrendo nesses animais são de importância patogênica para a conservação da espécie e para a saúde pública. Anthropogenic disturbances in natural environments are leading to several changes in the global ecology of diseases, with emphasis on those of viral origin. The study of viruses in wild fauna is of paramount importance. Several viral diseases of public health concern have zoonotic origin, and primates are important reservoirs. With the advent of new technologies such as massive sequencing (HTS - high throughput sequencing), viromes of several species of wild animals are being characterized, however, there are still few works with wild Brazilian primates. The pied tamarin (Saguinus bicolor), is a Critically Endangered primate endemic to the Amazon. occurring in small forest fragments with intense urbanizarion and habitat loss. It also occurs in syntopy with other primate species, such as the squirrel monkey (Saimiri sciureus). In this view, it is important to know the composition of the viral microbiota of these animals, as an important early surveillance strategy in the context of unique health and species conservation. The goals of this study are: (a) To investigate the fecal virome of Saguinus bicolor from forest fragments in the city of Manaus, central Amazon; (b) To compare the virome richness and diversity of a group of Saguinus bicolor and a group of Saimiri sciureus, inserted in the same forest fragment. After collecting the fecal content of nine groups of free-living pied tamarins from Manaus, samples from each group were pooled, followed by massive sequencing and the use of two bioinformatics methods (BLASTx and Kraken ) for characterization of the virome at the level of viral families, with emphasis on viruses of importance to mammals. The data generated by Kraken was used for normalization. The bioinformatics methods showed great divergence. Kraken identified the greatest diversity of viruses at the level of viral families, including those of importance to mammals (29 families from the raw data), while BLASTx identified only five families. The data generated by Kraken showed that many of the viral communities were distinct between groups, suggesting that the virome composition of these animals may be related to several variables, from individual to environmental. In the next chapter, rectal smears and fecal samples were collected from a group of Saguinus bicolor and a group of Saimiri sciureus, followed by massive sequencing and characterization of the virome at the level of virus families of importance to mammals. The group of pied tamarins showed a greater richness of viral families of mammals’ importance., presenting, after normalization of the data, a total of 18 families, while the squirrel monkey had 16 families. 12 viral families were shared with both species. Fecal material showed greater richness when compared to rectal in the squirrel monkey. The viromes of the two primate species showed a wide variety of viral families of importance for mammalian infections. Further research on these viral families are necessary to verify whether the viruses that are occurring in these animals are of pathogenic importance for the conservation of the species and for public health. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Em algumas ocasiões que eu tentei acessar o site, o mesmo apresentava erro. 2022-07-29T21:44:21Z 2021-12-20 Dissertação SOUZA, Aline Ramos. Caracterização do viroma fecal do sauim-de-coleira, Saguinus bicolor (Primates: Callitrichidae), de vida livre. 2022. 127 f. Dissertação (Mestrado em Zoologia) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus (AM), 2021. https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/8991 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Amazonas Instituto de Ciências Biológicas Brasil UFAM Programa de Pós-graduação em Zoologia |
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As perturbações antropogênicas em ambientes naturais estão levando a diversas alterações na ecologia global das doenças, com ênfase para aquelas de origem viral. O estudo dos vírus que ocorrem na fauna selvagem é de suma importância, pois diversas doenças de interesse para a saúde pública são de origem zoonótica, sendo os primatas reservatórios de uma gama desses vírus. Com o advento de novas tecnologias, como o sequenciamento massivo (HTS – do inglês high throughput sequencing), os viromas de diversas espécies de animais selvagens estão sendo caracterizados, entretanto, ainda são escassos os trabalhos neste contexto de primatas selvagens brasileiros. O sauim-de-coleira (Saguinus bicolor), primata Criticamente Ameaçado e endêmico do Amazonas, possui populações inseridas em uma área com crescente urbanização e intensa fragmentação florestal, além de habitar áreas sobrepostas com outras espécies de primatas, como o mico-de-cheiro (Saimiri sciureus). Diante disto, é importante conhecer a composição da microbiota viral desses animais, como uma estratégia de vigilância precoce importante no contexto da saúde única e da conservação das espécies. Os objetivos deste trabalho foram: (a) Investigar o viroma fecal de Saguinus bicolor de fragmentos florestais de Manaus; (b) Comparar a riqueza e diversidade do viroma de um grupo de Saguinus bicolor e de um grupo de Saimiri sciureus, inseridos no mesmo fragmento florestal. Realizada a coleta de conteúdo fecal de nove grupos de sauins-de-coleira de vida livre de fragmentos de Manaus, as amostras de cada grupo foram reunidas para compor um pool, seguido pelo sequenciamento massivo e utilização de dois métodos de bioinformática (BLASTx e Kraken) para a caracterização do viroma a nível de famílias virais, com ênfase em vírus de importância para mamíferos. Os dados gerados pelo Kraken foram utilizados para normalização. Os métodos de bioinformática apresentaram grande divergência, sendo o Kraken a ferramenta que identificou em nível de famílias virais a maior diversidade de vírus, inclusive daqueles de importância para mamíferos (29 famílias dos dados brutos), enquanto o BLASTx identificou apenas cinco famílias. Os dados gerados pelo Kraken mostraram que muitas das comunidades virais foram distintas entre os grupos, sugerindo que a composição do viroma desses animais pode estar relacionada com diversas variáveis, desde individuais até ambientais. No capítulo seguinte, foi feita a coleta de esfregaços retais e amostras fecais de um grupo de Saguinus bicolor e de um grupo de Saimiri sciureus, seguido pelo sequenciamento massivo e caracterização do viroma a nível de famílias de vírus de importância para mamíferos. O grupo de sauins-de-coleira apresentou maior riqueza de famílias virais de importância para mamíferos, apresentando após normalização dos dados um total de 18 famílias, enquanto os micos-de-cheiro apresentaram 16 famílias, com compartilhamento de 12 famílias virais para ambos os grupos. O material fecal mostrou maior riqueza quando comparado aos esfregaços retais. Os viromas dos grupos de primatas estudados mostraram que esses animais podem abrigar uma grande variedade de famílias virais de importância para infecções de mamíferos. Diante disso, é necessário realizar o aprofundamento das pesquisas nessas famílias virais para verificar se os vírus que estão ocorrendo nesses animais são de importância patogênica para a conservação da espécie e para a saúde pública. |
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