Desenvolvimento de marcadores SNPs e relação de parentesco em  Potamotrygon wallacei (raia cururu) usando sequenciamento de próxima  geração

Silva, Larissa Emily Santos da; http://lattes.cnpq.br/7722982558701971

Dissertação

Desenvolvimento de marcadores SNPs e relação de parentesco em Potamotrygon wallacei (raia cururu) usando sequenciamento de próxima geração

A raia Potamotrygon wallacei (Carvalho, Rosa e Araújo, 2016), conhecida popularmente como “cururu”, está entre as menores arraias de água doce conhecidas. O tamanho, forma corporal e a presença do clásper parecem ser as únicas características que expressam dimorfismo sexual. Esta espécie habit...

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Autor principal:	Silva, Larissa Emily Santos da
Outros Autores:	http://lattes.cnpq.br/7722982558701971
Grau:	Dissertação
Idioma:	por
Publicado em:	Universidade Federal do Amazonas 2023
Assuntos:	Genética animal - Pesquisa Acasalamento de animais Polimorfismo (Genética) CIENCIAS BIOLOGICAS: GENETICA: GENETICA ANIMAL Raia cururu Sistema de acasalamento Polimorfismo de nucleotídio único Diversidade genética Biologia reprodutiva
Acesso em linha:	https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/9764

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Esta espécie habita as águas escuras dos igapós e igarapés no estado do Amazonas, sendo endêmica da bacia do Rio Negro. Sua gestação é vivípara e pode se estender por três a seis meses, com maturidade sexual se iniciando a partir dos dois ou três anos de idade, apresenta baixo número de prole e longevidade alta. O conhecimento da biologia reprodutiva da raia cururu é limitado quanto ao parâmetro do sistema de acasalamento que é atualmente desconhecido. Este trabalho teve como objetivo, desenvolver marcadores moleculares do tipo SNP específicos para Potamotrygon wallacei utilizando sequenciamento de próxima geração e testar paternidade múltipla na espécie. As amostras utilizadas no trabalho foram de seis grupos familiares, em sua maioria compostos por provável mãe e prováveis filhotes, provenientes da localidade de Barcelos (Lago do Cubá), no Médio Rio Negro. As extrações de DNA dos tecidos dos indivíduos foram realizadas pelo método de CTAB 2% (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). A biblioteca genômica foi processada no sequenciador de Nova Geração (Next Generation Sequencing - NGS) Illumina, usando protocolo desenvolvido no laboratório. Os índices de diversidade genética foram inferidos no programa Arlequin e as análises de relação de parentesco foram feitas no software NGSRelate. A obtenção dos 1.664 marcadores SNPs via ddRAD usando protocolo caseiro para o sequenciador de próxima geração mostrou ser excelente para a obtenção dos níveis de diversidade genética para P. wallacei. Os resultados sobre análise de parentesco forneceram novos insights sobre a biologia reprodutiva da arraia cururu apresentando dois casos de sistemas de acasalamento, evidenciando um com indicativo de monogamia e outro com indicativo de contribuição extra-par. The stingray Potamotrygon wallacei (Carvalho, Rosa and Araújo, 2016), popularly known as “cururu”, is among the smallest known freshwater stingrays. Size, body shape and the presence of the clasper seem to be the only characteristics that express sexual dimorphism. This species inhabits the dark waters of the igapós and igarapés in the state of Amazonas, being endemic to the Rio Negro basin. Its gestation is viviparous and can last for three to six months, with sexual maturity starting from two or three years of age, it has a low number of offspring and high longevity. Knowledge of the reproductive biology of the cururu ray is limited regarding the parameter of the mating system, which is currently unknown. This work aimed to develop molecular markers of the specific SNP for Potamotrygon wallacei using next generation sequencing and to test multiple paternity in the species. The sample used in the work consisted of six family groups, mostly composed of mothers and probable offspring, from the town of Barcelos (Lago do Cuba), on the Middle Rio Negro. DNA extractions from the tissues of the individuals were performed using the 2% CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) method. The genomic library was processed in the Next Generation Sequencing (NGS) Illumina, using protocol developed in the laboratory. Genetic diversity indices were impaired using the Arlequin program and parentage analyzes were performed using the NGSRelate software. A total of 1664 SNPs markers were obtained via ddRAD using an in-house protocol for the next generation sequencer and proved to be excellent to estimate the levels of genetic diversity for P. wallacei. The results on kinship analysis provided new insights into the reproductive biology of cururu stingray showing two cases of mating systems, one with an indication of monogamy and the other with an indication of extra-pair contribution. CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior 2023-10-19T14:30:02Z 2023-08-11 Dissertação SILVA, Larissa Emily Santos da. Desenvolvimento de marcadores SNPs e relação de parentesco em Potamotrygon wallacei (raia cururu) usando sequenciamento de próxima geração. 2023. 33 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal do Amazonas, Manaus (AM), 2023.. https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/9764 por Acesso Aberto application/pdf Universidade Federal do Amazonas Instituto de Ciências Biológicas Brasil UFAM Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia
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Desenvolvimento de marcadores SNPs e relação de parentesco em Potamotrygon wallacei (raia cururu) usando sequenciamento de próxima geração

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